GSAS-II安装+LiCoO₂精修全攻略:从零入门Rietveld方法

本文系统提供了GSAS-II软件的安装教程、正极材料LiCoORietveld 精修的详细操作教程。

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手把手教你从导入数据到 Rwp
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GSAS-II软件安装

GSAS-II是一款由美国阿贡国家实验室开发的开源软件,涵盖了衍射分析的全部步骤,包括Rietveld结构精修。

首先,对“GSAS-”压缩包进行解压。
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弹出安装程序,②单击“Next”开始安装;随后将看到有关安装过程和软件许可的信息,③单击“I Agree”继续安装。
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④选择“Just Me”作为安装类型。目前尚不清楚“All Users”是否适用于多个用户之间共享的计算机。⑤单击“Next”。

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⑥设置安装路径,默认安装文件夹通常没问题,或根据习惯可将其更改为全英文路径文件夹。⑦单击“Next”。

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“高级安装选项”页面勾选⑧第一和⑨第四个选项,⑩点击“Install”开始安装–正在安装。

也可取消选择第一个选项,不影响正常安装与使用(gsas2full版本可勾选,会正常创建GSAS-Ⅱ快捷方式)
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安装需要至少几分钟才能完成;安装过程中会自动执行GSAS-II Python命令,会弹出一个cmd.exe控制窗口。系统会询问互联网代理信息。

目前的GSAS-Ⅱ通常不需要代理,Proxy address无需配置,直接⑪按回车键即可;随后自动配置,完成后会自动关闭该控制窗口。

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等待完成安装,⑫单击“Next”,⑬单击“Finsh”完成安装。
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安装完成后桌面出现可正常运行的GSAS-Ⅱ快捷方式。
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稍等片刻后,会看到控制窗口、图像窗口以及操作窗口三个界面依次弹出;后两个界面是数据分析过程中最关键的操作区域。
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XRD精修——以LiCoO2为例

(1)获取晶胞结构

RIETVELD方法精修需要输入晶体的初始结构,其中包含空间群、晶胞参数、原子种类、原子名称、原子坐标、占位分数和热振动参数Uiso。

获取晶体初始结构信息的途径

✅查阅相关文献。

✅在晶体结构数据库中检索,例如:

🔸无机晶体数据库(ICSD):https://icsd.fiz-karlsruhe.de/

🔸剑桥结构数据库(CSD):https://www.ccdc.cam.ac.uk/

🔸国际衍射数据中心(ICDD):https://www.icdd.com/

🔸开放的晶体结构在线数据库(COD):https://www.crystallography.net/cod/search.html

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图1COD 数据库查询结果界面

获取晶体初始结构信息后,相关参数可直接录入 GSAS-II 软件,亦可通过导入从晶体结构数据库下载的结构文件(如 CIF 格式文件)完成 GSAS-II 的初始化设置。对于晶体结构数据库中无法检索的目标晶体结构,可通过对结构相似的已知晶体结构文件进行针对性修改实现构建。

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图2 GSAS-II 控制台窗口、图像窗口和数据窗口

(2)数据导入

启动GSAS-II软件时,依次出现控制台、图像和数据三个窗口。要导入衍射数据和仪器参数,首先点击数据窗口中的Import – Powder Data – from Bruker RAW file,以导入RAW格式的衍射数据(图3)。若数据文件为其他格式,需先使用格式转换工具将其转换为GSAS兼容格式,然后再进行导入。成功导入数据后,系统将提示选择仪器参数。选择相应的INST_XRY.PRM文件后,图像窗口会自动生成XRD图谱(图4)。

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图3 RAW 格式衍射数据导入

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图4导入衍射数据后自动绘制衍射图谱的图像窗口

接下来,开展初始结构模型的导入操作:对于从晶体结构数据库获取的.cif 格式文件,导入流程如下:在数据操作窗口依次执行 “Import – Phase – from CIF file” 命令,选定目标晶体结构文件后,完成文件命名并关联至对应衍射数据,即可实现结构模型的导入(见图 5)。除上述文件导入方式外,亦可通过手动录入晶体结构信息完成模型构建。

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图5晶体结构模型的导入

在数据窗口中点击“Data – Add newphase”,命名新相后,在“General”选项卡下输入原子坐标、原子占位率和热振动参数信息群及晶胞参数(图6),在Atom 选项卡中输入原子种类、原子名称、原子分数坐标(xyz)、原子占位率和热振动参数Uiso(可设置初始值为0.01)等信息(图7)。

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图6输入空间群及晶胞参数信息

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图7输入原子坐标、原子占位率和热振动参数信息

(3)参数修正

1️⃣比例因子与背底函数优化

在 GSAS-II 软件中,背底拟合默认采用 Chebyshev 函数,并预设 3 个背底参数。若初始背底拟合结果未达预期,可通过软件 “Background” 选项卡调整背底函数类型及参数数量(见图 8)。随后,在左侧 “Control” 控制面板中设置最大迭代循环次数为 10(见图 9),执行 “Calculate-Refine” 命令启动首轮精修。精修完成后,需优先核查加权剩余因子(Rwp),例如本研究中 Rwp 值为 6.515%,同时将项目文件保存为 gpx 格式,以备后续载入及进一步优化使用。

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图8设置背底函数信息

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图9设置最小二乘法的最大循环圈数

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图10局部放大后的精修结果

在图像窗口对图谱进行局部放大,如图10 所示,可看到各峰的强度差值曲线形状相同,说明计算的峰位比实验数据偏大,可能由于晶胞参数不正确或样品偏离。

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图11修正晶胞参数

2️⃣晶胞参数精修

在软件 “Phases” 模块中选定 LCO 相后,进入 “General” 选项卡勾选 “Refine unit cell” 选项,将晶胞参数纳入精修变量体系,随后执行 “Calculate – Refine” 命令开展第二轮精修(见图 11)。

本轮精修完成后,加权剩余因子(Rwp)降至 4.2%,此时需点击 “Load new” 功能载入更新后的 gpx 项目文件。为进一步核查衍射峰形质量,在图像窗口对最强衍射峰进行局部放大处理,结果显示峰形仍存在优化空间,经修正后的衍射峰形如图 12 所示。

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图12局部放大的第二轮精修结果

3️⃣峰形参数精修

在 “Instrument Parameters”(仪器参数)面板中,勾选峰形参数 U、V、W 及不对称峰形参数 SH/L。需说明的是,当样品衍射图谱复杂或测试角度范围较窄时,建议优先修正上述峰形参数,以规避精修过程中出现结果不收敛的问题。

参数设置完成后,执行 “Calculate-Refine” 命令启动第三轮精修(见图 13)。本轮精修结束后,加权剩余因子(Rwp)进一步降至 3.79%,随后点击 “Load new” 载入更新后的 gpx 项目文件。通过图像窗口对最强衍射峰进行放大观察,结果显示峰形已实现基本拟合(见图 14)。

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图13修正峰形参数及不对称参数

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图14局部放大的第三轮修正结果

4️⃣各项同性温度因子:在Phases 的Atoms 选项卡中选择所有原子的热振动参数U,选择Calculate-Refine,进行第四轮精修,Rwp降低为2.99%(图15)。

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图15修正各向同性温度因子

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图16修正样品的择优取向

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图17 LiCoO2衍射图谱精修结果

5️⃣择优取向修正

择优取向指样品中晶粒显著偏向某一特定晶体学方向排列的现象,其中片状或针状晶体在制样过程中更易产生此类取向偏差(见图 16)。本研究选取球谐函数(Spherical harmonics)作为择优取向修正模型,其级数(order)设定为 4~6 均可,基于此开展下一轮精修。

精修完成后,加权剩余因子(Rwp)小幅降至 2.92%,这一结果表明该样品中择优取向的影响程度较低,此时的精修结果可判定为可接受。从输出的 LST 文件数据可知:“Final refinement wR =2.92% on 12208 observations in this histogram. Other residuals: R=2.19%, R-bkg = 3.28%, wR-bkg = 2.92%, wRmin=2.18%”,上述残余因子指标验证了精修结果的可靠性,精修图谱与实验衍射图谱实现良好匹配(见图 17)。

注意:精修结果不能够只根据因子来判断结果是否合理。因子小于10,甚至小于15 就可以认为是一次“可能”较好的精修结果,并不是一定追求越小越好。

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