一文学会XRD精修!

 

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什么是XRD精修

 

XRD精修(XRD Refinement)是基于X射线衍射(XRD)实验数据,通过数学模型优化,使计算模拟的XRD谱图与实际实验谱图高度匹配的技术,可以确定原子位置、晶胞参数,分析缺陷和应力,以及研究材料的相变和合成过程。

该技术的核心是突破常规XRD定性分析(仅识别物相、晶系)的局限,实现从宏观到微观结构的定量解析,最经典、应用最广的方法是Rietveld精修(全谱拟合精修),此外还包括单峰精修、Profile精修等衍生形式。

 

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XRD精修的作用

研究原子级结构细节

 

这是XRD精修的核心作用常规XRD定性分析能确定晶体所属晶系空间群以及大致晶格常数

XRD精修可通过迭代优化,可以获得原子级精度的晶体结构细节:对于掺杂、固溶体或缺陷晶体,精修可确定原子在晶胞中的具体坐标,并计算“原子占位率”(如某位点被目标原子占据的比例);

同时精修还可以准确计算晶胞的a、b、c轴长及夹角(α、β、γ),精度可达10-4~10-3Å;基于精修得到的原子坐标,还能够进一步计算晶体中的C-C、M-O等关键化学键的长度与夹角。

多物相体系的准确定量分析

 

对于多种物相混合样品,常规定量精度较低,而XRD精修可实现高精度多物相定量,核心原理是通过拟合各物相的衍射峰强度比,结合物相的质量吸收系数晶胞体积等参数计算含量,有效的降低了定量偏差。

分析晶体微观结构缺陷

 

XRD精修可通过拟合衍射峰的峰形展宽或峰位偏移,定量表征材料中的微观缺陷(晶粒尺寸、晶格应变、位错等);精修可通过峰形函数区分“晶粒尺寸展宽” “应变展宽”,从而得到更准确的晶粒尺寸分布;

同时精修还可以通过拟合峰位的微小偏移,计算出整体晶格畸变或局部区域畸变,从而推断出材料在加工或掺杂过程中引入的晶格应变;对于层状材料或金属合金,精修可以通过拟合超结构峰或峰形的不对称性,计算层错密度或位错密度,推算出材料的塑性变形能力。

结构模型验证

 

XRD精修还是验证理论计算中提出的晶体结构模型的正确性和修正模型偏差的核心手段。将理论结构模型的XRD模拟谱图与实验谱图对比,通过精修迭代优化原子坐标、占位率等参数,使得最终精修谱图与实验谱图的”拟合优度”达标,从未验证模型合理。

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XRD精修软件(GASA-II)

 

GSAS-II全称为General Structure Analysis System II,是一款功能强大的XRD精修软件。该软件是由美国阿贡国家实验室开发的开源软件,是在GSAS和EXPGUI的基础上进行扩展和改进而来的,具备更全面、更高效的晶体结构分析功能。下面就该软件的下载安装和数据分析步骤进行详细说明:

软件安装

1、解压下载好的安装包:

 

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2、在解压好的文件中找到“GASA-II”应用程序,右击选择“以管理员身份运行”:

 

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3、在弹出的界面选择“Next”:

 

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4、选择“I Agree”:

 

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5、同意条款后出现如图所示界面,其中“All users”是所有使用者都可以保存使用信息并进行更新“Just Me”只有安装软件的人能够从其账户中保存使用信息并进行更新,根据自己的需求选择,这里我们选择系统推荐的“Just Me”:

 

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6、安装GSAS-II时,应该避免使用包含空格或非ASCII字符的路径,若选择含空格路径,将收到警告,可按“Back”更改。注意,安装位置一旦确定,不应更改,否则软件可能无法运行。确保安装目录是全新的或为空,以防止冲突:

 

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7、“Advanced Installation Options”窗口中,保持默认设置。“start menu”选项不受支持,所以勾选与否无关紧要。清除包缓存可以清理一些磁盘空间,不建议将安装目录添加到路径中。如果你使用Python进行代码开发,建议安装另一份Anaconda或conda-forge Python,并使用它来添加包和更新Python,以免影响GSAS-II:

 

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8、等待安装:

 

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9、之后,消息会变为“Running post install…”,并打开一个终端窗口,显示文本并请求输入。系统会询问互联网代理信息对于绝大多数用户来说,不需要代理,直接按回车键即可。即使需要代理,也可以在GSAS-II安装完成后再输入这些信息

 

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10、终端窗口关闭后,在弹出界面点击“Next”:

 

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11、点击“Finish”结束安装:

 

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12、在桌面找到“GASA-II”图标,双击打开,可以正常使用:

 

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至此,就完成了GASA-II的安装。

数据处理(数据质量较差,仅供参考)

导入数据:

 

1、点击数据窗口中的“Import”→“Powder Data(粉末数据)”→“from Bruker RAW file(选择自己的实验仪器)”导入数据,如果不确定自己的仪器型号,可以选择“guess format from file”让软件自行判断:

 

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2、在导入数据后,会再次弹出一个窗口,该窗口是为了调用所使用的仪器参数。输入仪器参数后,精修的结果会更加准确,如果没有仪器参数文件,可以选择取消:

 

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3、根据自己的实验情况选择合适的靶材,一般是默认第一个“铜靶”,直接选择“OK”:

 

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4、数据成功导入,可在图像窗口观察到:

 

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5、在网址“https://www.crystallography.net/cod/search.html”上找到所对应的CIF(晶体结构)文件:

 

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6、点击数据窗口中的“Import”→“Phase”→“from CIF file”打开提前下载好的CIF文件:

 

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7、如图所示,CIF文件也被成功导入:

 

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精修步骤:

 

精修步骤一般为背景拟合、晶胞参数、原子坐标、占位分数、各向同性因子、峰形参数、背景修正、各项同性温度因子、择优取向,在实际精修过程中,也可以根据自己的需要自行调节精修顺序:

 

背景拟合:

GSAS-II中,默认使用Chebyshev函数作为背底函数,并预设了三个背底参数。若背底拟合效果不佳,可在“Background”选项中调整背底函数类型和参数数量。

 

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晶胞参数:Phases 中选择ZnCoFeO相后,勾选General 选项卡中的Refine unit cell 选项,将其加入精修参数中,选择Calculate – Refine,进行第二轮精修。

 

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峰形参数:“Instrument Parameters”中,勾选U、V、W以及不对称峰形参数SH/L(特别是在样品衍射图谱复杂或角度范围较小的情况下,建议先修正这些峰形参数,以避免修正结果不收敛)。然后选择“Calculate-Refine”进行第三轮精修。

 

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各项同性温度因子:Phases的Atoms选项卡中选择所有原子的热振动参数U,选择Calculate-Refine,进行第四轮精修

 

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择优取向:样品中的晶粒显著倾向于某一晶体学方向称为择优取向,对于片状或针状晶体,在制样过程中容易发生择优取向。选择择优取向模型为球谐函数(Spherical harmonics),级数(order)为4~6 均可,进行下一轮修正。

 

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XRD精修(如 Rietveld 精修)中,Rwp(Weighted profile R-factor,加权轮廓R因子)是衡量精修质量与模拟谱图和实验谱图匹配程度的关键指标。随着精修的进行,Rwp的值也再不断降低,说明精修结果的可靠性和准确性在不断提升。

值得注意的是,精修结果不能够只根据R因子来判断结果是否合理。R因子小于10,甚至小于15就可以认为是一次“可能”较好的精修结果,并不是一定追求越小越好。

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