理论计算答疑精选汇编

Q1：朱老师，neb计算时，这个nebef.pl之后第二列全是0？ A：一、可能是没有编译好VTST； 二、在计算过渡态之前需要检查原子是否一一对应； 三、第二个这个截图是正常的。…

Q1：朱老师，计算FE110表面H2的吸附时，需要考虑色散校正开启IVDW=12吗？ A：需要开启，H₂在 Fe (110) 表面的吸附通常属于化学吸附，而非纯粹物理吸附； 研究分…

Q1：朱老师，我算出来的声子谱是这样的是什么原因，有非常明显的虚频？ A：若前期结构优化不彻底，原子会存在 自发位移的趋势，声子谱会直接将这种趋势转化为明显虚频，具体表现为： 一、…

Q1：朱老师，这是我做的二维钙钛矿材料，沿（0 0 1）切面后加了个真空层。主要是想后面做缺陷，再吸附分子做缺陷钝化，这个切面步骤是有必要的吧？ A：①切面是聚焦表面 / 界面研究…

Q1：朱老师，想研究一个二维材料和一个衬底slab模型异质结界面，结构优化是用isif=3还是2？ A：优先选ISIF=3，无原子固定用ISIF=3，并且固定真空层方向不做晶胞优化…

Q1：朱老师，这个报错：“WARNING: Sub-Space-Matrix is not hermitian in DAV”怎么解决？ A：金属表面试试ISMEAR=2 SIGM…

Q1：朱老师，请问我这个过渡态计算最有可能是过渡态的是哪个点啊 A：如果结构没问题，能量最高点是过渡态 Q2：朱老师，我是要按照这里显示的去下载对应版本的python吗？但我下载好…

  Q1：朱老师，我同一个模型切同一面后，在算功函数时，如何确定那个暴露面最好呢？是通过什么数值来确定的呢？ A：根据实验结果哪个是暴露面 Q2：朱老师，这里不同缺陷原子对net …

Q1：朱老师，我在按照教程里面的进行操作，想要对模型进行切割，“from ase.io import read” 这个命令执行失败，从哪里怎么看库里都有那些…

Q1：朱老师，想请教一下，我计算的Bader电荷里，化学环境相同的同种元素原子（如图中的4号和5号原子都是环境相同的Cu原子），它们的电荷值差别有点大，可我INCAR参数设置都是按…

Q1：朱老师，我这种环状结构有机物，我是应该选择其中某一个碳原子吸附到吸附位点上去，还是选择这个环的中心吸附到吸附位点上去呢？ A：参照文献 选择，或者都尝试，选择能量最低的 Q2…

Q1：朱老师，如图2-CTP吸附到氧化铜表面的反应路径图。绿色和红色两条反应路径，都是反应物首先经过一个反应前络合物（吸附中间体），再经过过渡态到达产物。 如果势垒看成是过渡态减去…

Q1：朱老师，我在计算态密度的时候在INCAR中加入了NEDOS=1000，但是算完以后还是默认的301，这是哪里设置的问题吗 A：计算出错或者没有开始 Q2：朱老师，我在建三元异…

Q1：朱老师，关于POTCAR的坐标有一点问题想确认一下①三个基矢是否是在正空间三维直角坐标系的坐标（数值单位是A）②分数坐标系里数字应该是线性组合系数；如果是三斜晶胞，笛卡尔坐标…

Q1：朱老师，请问VESTA里面这个原子显示一半蓝色一半灰色是为啥 A：这是有分数占据的cif,不能用于计算 Q2：朱老师，如果我要算0价和正一价的缺陷形成能，是同时算？还是先结构…

Q1：朱老师，教程里有finite temperature DFT的教程吗？想计算温度对于能带的影响 A：算不了温度对电子结构影响 Q2：朱老师，这个报错是什么原因呢？ A：设置a…

Q1：朱老师，我想问一下要比较表面slab模型在有无氧空位情况下对HER和OER过程产生的影响。可以把没有氧空位情况下优化好的吸附结构拿来，去掉slab中的一个氧，然后用这个结构直…

Q1：朱老师，构建了一种特殊的Pt团簇结构，通过分析在（111）面额fcc位点上O*（氧吸附能）与普通的无修饰Pt particle结构对比，是否可以通过O*氧吸附能更弱（大概少0…

Q1：朱老师，如何解决表面模型，体相为反铁磁材料的初始磁矩的设置问题？ A：表面原子可以用对应位置体相的磁矩 Q2：朱老师，顶部这个情况影响正常的表面结构优化吗，需不需要调一下sl…

Q1： 朱老师，计算bader电荷出现这种情况是计算错了吗？怎么解决呢？ A：没有错，还没算完 Q2：朱老师，怎么在VESTA里设置这个可以直接看原子位置的（X，Y，Z）？ A：v…