Athena拟合教程-新手篇

很多朋友刚接触XAS数据处理,打开Demeter的软件发现啥也看不明白,就连数据导入都成了问题,那还说啥了,来一篇超级基础的页面介绍,看完不明白或者看不进去也正常,等操作的时候一点一点对应看就好了。

Athena拟合教程-新手篇

Athena:数据处理,E、k、R、q变换,对数据进行预处理,其中E&Rspace是论文中必放的图,也是大家对XAS的第一印象。

Artemis:数据拟合,通过标准路径对Athena处理后的数据进行拟合,得到拟合结果(配位数N、配位原子种类、能量偏移ΔE、振幅衰减因子S02、吸收原子与配位原子距离R、无序度因子σ2

Hephaestus:实验操作手册

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Athena

数据导入界面

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透射数据:

1) Numerator 2(I0)+Denominator 3(I1)+Nature log 

2) Numerator 6(ln(I0/I1))

荧光数据:

1)Numerator 4(I2)+Denominator 2(I0) 

2) Numerator 7(I2/I0),

透射谱需要勾选Nature log,荧光谱不需要勾选。

Reference channel标样透射数据(不是所有数据都有标样,此数据可以用来校准、定性对比分析等):

1)Numerator 2(I1)+Denominator 3(I3)+Nature log

2)Numerator 6(ln(I1/I3))

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E:能量与强度界面

k:将能量E转换为光电子波矢k,从μ(E)中提取EXAFS信号
,加权k(k2,k3)以补偿振幅随k衰减。

R:对k空间window内的χ(k)进行傅里叶变换(FT)得到的径向距离空间(R-space的实部虚部等图示目前多少是个盲区,所以没做介绍,需要多学一些知识补充才能解释)

q:对R空间window部分进行反傅里叶变换

kq:k空间数据与k空间数据傅里叶变换-反傅里叶变换后的数据对比。

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黄色底纹代表选中的单独数据图示,粉色底纹代表勾选的所有数据图示。E:原始数据所在的能量空间,经归一化处理后可以在样品间互相对比等。

Normalized:归一化数据,由pre-edge line及post-edge line影响

Background:原子吸收背底。

Derivative:一次微分,在校正数据时使用最高峰峰顶作为E0进行比对校正(同一批测试样品数据不需要进行校正,不同时间不同光源的样品才需要校正,所以建议有条件的在最短时间内完成所有样品测试,避免不必要的干扰。)

2nd derivative:二次微分,同一次微分。

Background:由E部分post-edge line影响。

Windows:选取傅里叶变换到R的部分。

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Main windows:主窗口

Element:默认测试元素

Edge:根据Hephaestus手册测试时选择的测试边,优先选择K边做测试。

Energy shift:能量偏移,用来校正数据(同一批测试不需要校正)

Importance:一般不做任何改变

Normalization order:拟合多项式阶数

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Normalization and background removal parameters区域为调控E空间的各项参数

E0:一般为一次微分最高峰

Pre-edge range:由两个点确定,第一个点一般会尽可能靠前的选择,但请注意数据质量以及是否受到前部分数据影响。第二个点避免太过靠近挑高。

Normalization range:由两个点确定,一般会让这条线均匀的穿过后方震荡数据

Edge step:跳高,如果数值过小,说明数据信噪比差

Rbkg:R background,过滤R空间信号,通常认为中心原子周围没有小于1Å的键,所以默认消除小于1Å的信号,不建议设置太高。

k-weight:一般选择2,通常会尝试1,2,3,最后要结合物理意义选择。

Spline range in k-Spline range in E:k/E值的起止区间,两个数据是关联的,根据实际情况选择区间范围。

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Forward Fourier transform parameters区域为k 空间的 χ(k) 做傅里叶变换(FFT)到 R 空间的参数

k-range ___ to ___ dk __ :窗口选择,窗口左边一般选择范围在2-3之间,数据质量好时窗口尽量宽,数据质量不好时需要屏蔽后面部分数据,当然屏蔽部分可能包含真实的信号,但因质量不佳只能舍弃。

dk一般设置为1,此部分涉及傅里叶变化时窗口边缘数据权重问题。

Arbitrary k-weight:此部分参数为右侧kw图示使用参数。

Phase correction:相位校正。傅里叶变换后,第一配位峰的横坐标会略小于晶体实际键长,勾选此项只影响数据展示,不会影响数据拟合。

Backward Fourier transform parameters区域为R空间的选中峰经过反傅里叶变换回k时的参数

R-range ___ to ___ dk __ :窗口选择,用来帮助判断k空间的真实数据部分,一般会选择R空间的主峰(认为的真实部分)进行反傅里叶变换到k空间后,与原始k数据进行对比。

EXAFS数据在R空间的图像并不能判断是什么键,只能反映原子间的距离,需要结合可靠的晶体结构来分析这个距离下的配位。

Plotting parameters 此部分只涉及图的展示方式

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Merge多组数据合并,用来提升信噪比。

Calibrate data:校准数据,在数据不是同一批时需要进行的操作,根据Derivative选择E0

Align data:数据看齐,适合同系列样品一起校正。

Rebind data:

Deglitch and truncate data:Deglitch扣除坏点,将数据中异常的点去除掉、truncate截取数据,将信噪比差的数据全部截掉。一个扣除点,一个截掉后面所有数据。尽可能的少使用Deglitch去除坏点。

Smooth data:平滑数据(别乱用)

OK,暂时先介绍这么多,基本已经足够包含对于Athena处理数据所需要使用的部分,Athena最主要的作用就是对数据进行预处理,最主要的还是要根据经验值调整各部位参数,得到一个可以进行拟合的数据。

 

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