生物与化学分析
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水分子触发的SARS CoV-2主蛋白酶从固态到水溶液的不可逆构象变化
摘要 SARS-CoV-2的主蛋白酶(SC-2 Mpro)是一种同源二聚体。然而,Shaw课题组近期进行的一项0.1 ms长的分子动力学模拟(DESRES模拟)表明,Mpro从固态…
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如何实现大批量数据库多方法组合的虚拟筛选
一、原理介绍 虚拟筛选(Virtual Screening, VS)是一种借助计算机技术,从海量化合物库中寻找可能与药物靶点(通常是蛋白质受体或酶)结合的小分子的过程。 分类 1、…
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重磅来袭!药物设计中的生物催化:分子对接指导工程酶改造
一、背景介绍 在创新生物活性小分子的探索之旅中,构建具有独特结构的化合物始终是关键所在。其中,含有多个立体中心的复杂手性分子,无疑是化合物库拓展的宝贵财富。然而,传统的有机合成方法…
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揭秘!分子对接为何成为科研热点,一文带你读懂
一、原理介绍 分子对接是模拟小分子配体与生物大分子受体结合过程的方法。它基于受体结构信息,通过计算预测配体在受体结合位点的最佳位置和方向(最佳构象),使配体-受体相互作用能量最低、…
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分子对接蛋白晶体的获取–PDB、UniProt数据库的使用
一、PDB数据库 简介 蛋白质结构数据库(Protein Data Bank,PDB)自1971年创建以来,已成为国际上最著名且最完整的蛋白质三维结构数据库。PDB数据库收录了通过…
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一文读懂什么是共价对接!
一、原理 1、共价抑制剂 共价抑制剂通过与靶蛋白形成(不)可逆的共价键,显著增强与靶标的亲和性,从而表现出高生物活性。这种结合方式不仅提高了药物的结合活性和效率,还延长了对靶点的作…