差分电荷密度与 Bader 电荷辨析:计算依据、积分口径、守恒验证及数值对应关系

说明:本文华算科技主要介绍差分电荷密度 Bader 电荷的计算来源、积分口径、守恒检查和结果对应方式。

差分电荷密度与 Bader 电荷辨析:计算依据、积分口径、守恒验证及数值对应关系
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两类电荷结果怎样从同一电子密度产生

自洽电子密度 ρ(r) 是两类结果共同的数据起点。吸附体系或异质界面常把复合模型记作 AB,并在复合模型的原子坐标、晶胞和实空间网格上分别计算 ρAB(r)、ρA(r) 与 ρB(r)。差分电荷密度写为 Δρ(r)=ρAB(r)-ρA(r)-ρB(r),每个网格点保留一个电子密度增量或减量。

许多计算文献把 ρ(r) 称为电荷密度,程序输出却常以电子数密度存储,单位可能写成 e Å-3 或电子数/晶胞体积。电子积累对应 Δρ>0 还是 Δρ,取决于文件定义和作图软件是否额外乘入电子电荷 -e。颜色解释应以公式、色标和图注三者为准。

参考片段若采用弛豫后的独立结构,Δρ(r) 会混入几何变形造成的密度差。固定为复合模型中的原子位置,才对应“接触或吸附引起的电子重排”。总电荷、自旋设置、赝势价电子数和 FFT 网格也要保持一致,少一项便会改变差值的物理口径。

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图1. Al(111)/6H-SiC(0001) 两种终止界面的差分电荷密度和逐原子层 Bader 电荷差。DOI:10.3390/ma14030630

Bader 分析改用 ρ(r) 的梯度场划分原子盆 Ωi。盆分界面满足 ∇ρ·n=0 的零通量条件,盆内电子数为 Ni=∫Ωiρ(r)dr。若采用价电子赝势,常写净电荷 qi=Zi,val-Ni;有些数据表却报告 Ni 或吸附前后的 ΔNi。正负号必须由列名和公式确认。

原子盆通常由复合体系 ρAB(r) 划定,Δρ(r) 负责显示相对于参考片段的变化。若要报告吸附诱导的 Bader 改变量,应明确比较 qiAB-qiref,还是把吸附物各原子的 qiAB 求和。两种写法在参考原子采用中性价电子数时可建立换算,符号方向常相反。

Al/SiC 案例把两种输出置于一张图内:红、黄等值面标记界面附近的空间重排,右侧曲线记录各原子层的 Bader 电荷差。空间位置与分区电子数共享 ρ(r),输出单位和数学运算不同,二者可以核对方向与总量,却不会逐像素对应。

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差分等值面为什么算不出Bader电子数

等值面绘制只保留 |Δρ|=c 的空间轮廓,阈值 c 从 0.002 e Å-3 改到 0.01 e Å-3 后,色块体积会明显收缩,Δρ(r) 数据本身没有改变。色块大小缺少内部每个网格点的幅值,无法当作电子数;颜色只编码作者规定的正负号,红色、黄色或蓝色没有固定物理方向。

两个阈值对应同一个 Δρ 文件,因而适合比较空间形貌,不适合比较色块体积。定量积分应使用原始三维网格值,并写明积分域。等值面阈值是显示参数,Bader 盆是电子密度梯度定义的积分域,两者没有固定换算系数。

Bader 电荷把一个盆内的增量与减量全部积分。键区出现成对的积累和耗尽时,盆内极化可以大量抵消,于是差分图色块显著,原子净电荷变化却很小。另一种情形是微弱重排分散到许多原子盆,单原子 ΔNi 不大,片段求和后仍可形成可观的层间转移量。

吸附前后的原子盆分界面会随 ρ(r) 重排而移动,ΔNi 既包含电子密度穿过原分界面的贡献,也包含零通量面位移带来的积分域改变。差分图仍按固定空间坐标记录 Δρ(r),所以键区重排与单个原子 Bader 差值出现不同幅度具有明确的数学来源。

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图2. 3d 和 4d 过渡元素掺杂 Al/SiC 界面时,各界面原子的 Bader 电荷差。DOI:10.3390/ma14030630

同一掺杂界面里,X、邻近 Al 与 C/Si 原子的 Bader 差值方向并不相同。若只摘取掺杂原子 X,电荷来源和去向会丢失;片段电荷应对预先定义的原子集合求和,例如金属层、SiC 层、吸附物或催化位点配位壳层。原子集合改变,报告的“转移量”也随之改变。

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图3. SnO/SnO2(110) 相界结构及多个原子层的差分电荷密度切片。DOI:10.1038/am.2017.236

SnO/SnO2 相界的切片把电子积累与耗尽定位到界面两侧及相邻原子层。差分切片保留方向、形状和延伸范围,但电子数仍来自体积分、面平均积分或 Bader 盆求和。二维切片若未覆盖全部三维空间,也不承担电荷守恒计算。

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守恒/逐层求和/片段求和怎样核对结果

总电子数检查适用于复合体系与参考片段电子数相同的中性模型:∫cellΔρ(r)dr 应接近 0,所有原子盆的 ΔNi 之和也应接近 0。两项残差分别受网格积分、盆分界面离散化和赝势电荷密度重构影响,误差应远小于所讨论的片段转移量。

数值残差可沿网格密度、参考电荷密度和分区求和三处检查。FFT 网格加密后 ∫Δρdr 的漂移、Bader 未分配电荷和原子盆总电子数偏差都应收敛。报告 0.02 e 的构型差异时,数值残差若已接近 0.02 e,小数位排序缺乏分辨率;转移方向仍可能稳定。

界面法向取 z 时,可定义面平均差分密度 Δρ̄(z)=A-1∫∫Δρ(x,y,z)dxdy,再计算累积量 Q(z)=A∫zΔρ̄(z′)dz′。真空区或体相平台处的 Q(z) 与对应层的 Bader 差值求和采用相同电子数口径时,转移方向和数量级应互相吻合;截面位置穿过成键区时,Q(z) 会对分割面敏感。

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图4. SnO/SnO2(110) 相界中 O、Sn 原子逐层求和后的 Bader 电荷差。DOI:10.1038/am.2017.236

SnO/SnO2 案例中,界面 I 与 II 附近的差分切片位置可与逐层 Bader 峰谷相互定位。论文报告第 4、18 层分别积累约 4.9、4.5 个电子,第 5、16、17 层出现约 3.9、2.5、2.0 个空穴。逐层求和把原子盆结果投影到界面法向,适合检查电荷重排是否局限在接触层,或向体相延伸数层。

带电超胞、不同电子数的缺陷参考态或人工补偿背景会改变 ∫Δρdr 的目标值。此时应按电子数差写出守恒式,并注明背景电荷和归一化方式。跨泛函、跨赝势或跨网格比较绝对 Bader 电荷同样缺少统一基准;同一套 PAW 数据、相同网格和相同分区算法才适合做小数位趋势比较。

自旋极化体系还有一组独立守恒量。总电荷密度 Δρ+Δρ 可能变化很小,自旋密度 Δρ-Δρ 却发生显著重排。电荷转移与自旋转移应分别积分,磁性位点的 Bader 电荷宜与盆内磁矩、分波态密度和自旋分辨差分密度采用同一构型比较。

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哪些表面矛盾来自观察尺度不同

共价键形成常伴随强烈局域重排和很小净转移,石墨烯/h-BN 横向界面吸附 H 后,C 位点附近出现具有 sp3 σ 键形状的二维差分密度,而H 原子的 Bader 电荷改变量较小。电子密度从原子外侧转向键区,许多增减仍留在相同原子盆内,局域成键响应大于跨盆净流量。

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图5. 石墨烯/h-BN 横向界面及四种 H 吸附位点的差分电荷密度。DOI:10.1039/D0RA08138H

界面偶极还包含空间分离距离。CuO/Ag 模型给出从 Ag 向 CuO 转移 2.29 e 的 Bader 片段量,差分密度标出界面两侧的积累和耗尽,法向静电势曲线记录由电荷分离产生的势差。相同转移量配上不同电荷中心间距,会产生不同偶极矩,Bader 总量本身没有距离信息。

Bader 净电荷与形式氧化态采用两套定义。前者来自连续电子密度的盆积分,通常为小数;后者依据化学键电子归属和整数计数。配位改变引起的 Bader 趋势可与 XPS、XANES、局域磁矩或键价结果比较,单个小数电荷不承担整数价态标签。

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图6. CuO(111)/Ag(111) 界面的差分电荷密度和穿过界面的静电势曲线。DOI:10.1038/s41598-020-59531-0

Na 吸附 BP3 的 H4、H3 位点分别转移约 0.88 e 与 0.84 e,Bader 片段量仅差 0.04 e;两种构型的差分密度形状、加权能带和 PDOS 仍存在差别。Bader 电荷规定电子计数,差分密度规定空间位置,能带与 PDOS 规定能量和轨道来源,三类量各自对应一个可计算对象。

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图7. Na 吸附 BP3 单层 H4、H3 位点的差分电荷密度、加权能带和 PDOS。DOI:10.1039/D5NA00736D

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