说明:本文华算科技主要介绍晶格的数学定义、格点与原子基元的分工、Bravais 类型的度量约束,以及晶格振动、超结构和 DFT 结构弛豫中“晶格”所指的具体对象。
结构文件里、显微图里的原子网格、声子计算里的晶格振动,分别指向数学点集、实验图像周期和集体位移。一个周期结构可以换用等价晶胞,缺陷模型也会在程序中周期复制。分清点集、基元、晶胞和实际原子构型,才能正确读取晶格参数、结构弛豫与对称性结果。


晶格的定义:平移等价点集
三维 Bravais 晶格写成 R = n1a1 + n2a2 + n3a3,其中 n1、n2、n3 取任意整数,三条 ai 是线性无关的平移矢量。任一格点经晶格矢量 R 平移后,整套点集与原点集重合,这条离散平移对称构成晶格的定义。
线性无关保证三条矢量张成三维空间;二维晶格只需两条基矢。格点本身没有元素种类、原子半径、键长或电荷,它只记录哪些位置在平移操作下等价。把格点直接画成原子球,会把数学点集与具体结构混成同一对象。
图1. 石墨烯实空间原胞的基矢 a1、a2 与对应倒易空间基矢 b1、b2。DOI:10.1016/j.heliyon.2020.e04131把三条基矢排成矩阵 A = [a1 a2 a3],整数向量 n 生成格点 R = An。基矢围成的平行六面体可选作原胞,晶胞是无限晶格的一种有限表示;点集延伸到全部整数平移位置,不受所画晶胞边框限制。
原胞存在多种等价选择。若整数矩阵 M 的行列式为 ±1,A′ = AM 仍生成同一组格点。基矢可以改变,晶格点集保持不变。结构比较时,晶胞边长或夹角不同,有时来自表示方式变化,原子点集没有发生真实畸变。


格点上的基元生成具体结构
具体晶体结构可写成 rj(R) = R + τj。τj 给出基元内第 j 个位置,还要附上元素、占据率、磁矩等信息。晶格给出平移骨架,基元给出每个等价格点附带的原子内容,二者合起来才形成可用于计算的周期结构。
一个格点可对应单个原子,也可对应多个原子组成的基元。基元内部的相对坐标不会由 Bravais 晶格自动给出。相同的三角 Bravais 晶格放入两个碳原子位置得到石墨烯蜂窝结构,放入三个等价位置则可生成 Kagome 网格。
图2. FeSn 薄膜中三角 Bravais 晶格上的三点 Kagome 基元、晶体层状结构及原子分辨表面图。DOI:10.1038/s41467-023-41831-4图2a 的红色平行四边形由 a1、a2 张成,内部三处位置构成 Kagome 基元。Kagome 网格拥有三角 Bravais 晶格和三点基元;蜂窝网格则使用两点基元。表面显微图记录的是基元中原子或局域电子态的周期对比,平移晶格需从重复关系中提取。
六方最密堆积采用六方 Bravais 晶格加两个原子位置,AB 层序写在基元坐标里。同一 Bravais 晶格容纳不同基元时,会产生不同配位、轨道杂化和能带。结构模型中仅给出 a、b、c 和夹角,仍不足以确定原子排布;分数坐标与元素占据同样属于必要数据。
缺位、反位或部分占据发生在基元内容中,并会破坏局域平移等价。格点位置相同,不保证格点附近的化学环境相同。讨论“晶格保持”时,应说明所指的是平均平移骨架、局域原子构型,还是某个有序占据形成的新周期。


Bravais 类型来自度量约束
基矢矩阵的度量张量为 G = ATA。对角元对应基矢长度平方,非对角元记录基矢夹角。Bravais 类型由度量约束和平移点群共同限定,与格点上放置何种元素无关。
二维空间有斜方、矩形、中心矩形、正方和六方五种 Bravais 类型。边长相等或夹角取特殊值会减少独立晶格参数。正方晶格只需一个长度参数,斜方晶格则保留两条边长与一个夹角。
图3. 二维 Bravais 类型按独立晶格参数、度量张量分量与平移点群约束形成的包含关系。DOI:10.1186/s40679-018-0051-z三维中,七个晶系与 P、I、F、C、R 等中心化方式组合成十四种 Bravais 类型。中心化符号描述常规晶胞内额外的平移等价点:I 含体心平移,F 含面心平移,C 含底心平移,R 对应菱方点阵的常规表示。
图4. 十四种三维 Bravais 类型按独立晶格参数数目排列的偏序关系。DOI:10.1107/S2053273314027351中心化常规胞体积较大,便于显露旋转对称;原胞体积较小,便于减少计算量。按格点共享权重计数,每个原胞含一个晶格点。两类晶胞可描述同一晶格,原子数、布里渊区体积和 k 点标签随胞的选择改变,物理周期保持一致。
弛豫结构的边长与夹角常带有微小数值偏差。高对称类型对应严格的等长、等角或中心化条件;结构识别程序使用数值容差把接近这些条件的模型归入相应类型。报告实际晶格参数、所用容差与剩余应力,可区分数值偏差和真实对称性降低。


振动和超结构改变周期描述
声子把平衡位置写成 rj(R,t) = R + τj + uj(R,t)。平衡晶格规定参考位置,位移场描述原子偏离参考位置的方向、幅度与相位。晶格振动中的“晶格”包含周期参考结构及其集体位移模式。
Γ 点光学模中,各晶胞具有相同相位,基元内不同原子可以反向运动;有限波矢 q 的模式在相邻晶胞间获得相位差。声子波矢决定位移场跨晶胞的相位关系,原胞里的原子数决定声子分支数。
图5. 共振驱动六方氮化硼 TO(E1u) 声子时 B、N 原子的反向位移及位移幅度演化。DOI:10.1038/s41467-023-43501-x空位、掺杂和反位改变局部基元,孤立缺陷附近的原始平移对称随之消失。周期性 DFT 超胞会复制缺陷,单缺陷超胞代表缺陷有序阵列,其周期等于超胞平移矢量。增大超胞会降低模型缺陷浓度,也会减弱缺陷与周期镜像之间的相互作用。
电荷密度波或结构调制引入新的平移周期。对调制波矢 q,新晶格平移 T 满足 exp(iq·T) = 1。公度调制把母相原胞扩展为整数倍超胞,并使原有能带折叠到较小的布里渊区。
图6. ScV6Sn6 高温晶胞与低温 CDW 结构中三倍扩展的晶胞及三类 V 局域环境。DOI:10.1038/s41467-024-52456-6ScV6Sn6 低温相中,Sn–Sc–Sn 链沿 c 轴发生相对位移,原胞扩大三倍,原先等价的 V 位置分化为 V1、V2、V3。超晶格峰来自新增长周期,母相晶格常数整体变化则移动基本反射位置。非公度调制没有有限整数超胞,计算中常用有理近似构造有限模型,并标明近似波矢。


DFT 晶格矩阵限定周期计算盒
DFT 输入中的晶格矩阵 H 把分数坐标 s 转成笛卡尔坐标 r = Hs。改变 H 会同步改变胞体积、原子间笛卡尔距离和周期镜像位置;只改分数坐标则是在给定胞形内移动原子。
倒易基矢矩阵满足 B = 2πH−T。实空间晶胞扩大时,倒易晶胞相应缩小,同一波矢密度所需的 k 点数随之下降。缺陷间距、表面真空厚度和层间周期也由 H 给出;真空方向的胞长属于周期计算盒设置,块体晶格常数只对应原子周期重复的方向。
图7. SnTe 薄膜中单轴压缩、双轴拉伸与双轴压缩对应的晶格畸变示意。DOI:10.1038/s41467-018-03887-5固定晶胞弛豫只优化原子自由度,晶格矩阵保持输入值;变胞弛豫同时优化原子位置和 H,由应力张量驱动胞长、夹角及体积变化。原子力收敛与晶格应力收敛对应两组不同自由度,前者不能替代后者。
图8. MAPbI3 变胞 DFT 弛豫中 a、b、c 随迭代步的变化及弛豫后结构。DOI:10.1038/s41467-018-04212-w图7中,初始立方或四方 MAPbI3 在无相应对称约束的变胞弛豫里逐渐出现不同的 a、b、c,PbI 骨架也发生畸变。晶格参数分裂记录了胞形自由度降低对称性的过程;固定晶胞计算会把这部分自由度锁住,只保留胞内原子重排。
平衡晶格参数还受交换关联泛函、色散修正、磁序、外压和温度影响。零温静态 DFT 通常给出选定电子态与外压条件下的势能极小结构,实验热膨胀值还包含振动自由能。计算晶格常数对应明确的理论条件,与实验比较时应对齐温度、压力和相结构。
固定晶格弛豫给出指定胞形内的最低能原子排布;释放晶格自由度并把剩余应力压到收敛范围后,优化得到的 a、b、c 才对应当前计算条件下的平衡晶格参数。
