在Artemis拟合XAS数据时我们会选择1到多个path用来与数据拟合,那么我们该如何来选择合理的path呢?本文华算科技适合有一定拟合基础的同学学习哦,如果是小白朋友,请先学习之前的Athena与Artemis基础教程干货呢!

首先我们要明白,在Artemis拟合时使用的数据为EXAFS部分,EXAFS数据首先变换为波矢函数k,再将波矢函数k经过傅里叶变化得到R,这个R反应的是吸收原子与近邻原子的距离关系,在论文中大家会称它为“键”,这个键的概念是化合物中的概念。

OK,我们搞清楚了R反应的实际信息是什么,我们也要知道在XAS测试中R的有效部分有哪些,首先一般给到的R空间图像横坐标范围在0-8,如果数据质量极佳如上图所示,那么R的有效部分可以到5Å(EXAFS数据是分析不了太远的原子信息的),也就是我们一般说的第二层配位结构,一般超过5Å的数据我们也不做解读,认为是假信号。
好的最远的范围说完了,我们也要知道最小的范围,在理论上1Å以内也是不存在配位原子的,所以假设1Å以内出现了配位峰,那么一定是前面哪里出错了。
好的知道范围后,还需要知道在Athena和Artemis的R space空间里,默认是没有经过相位校正的,所以很多人会问,为什么拟合的结果与R空间图像对应不上,不仅我的对应不上,文献中的也不对,这么明显的错误怎么没人质疑呢?

其实并非是错误,R空间横坐标虽然为Å,但Å是一个距离单位,且R空间反应的距离缺少相位校正,所以R空间的距离并非真正距离,并且R最主要的目的并非是用来看距离的,而是用来与标准样品放在一起看位置关系的,真想要精确的距离需要拟合,而拟合之前我们有需要通过R来判断需要使用的path。
好的既然你已经知晓R空间反应的是距离关系,那么同样的距离该如何分辨,比如金属与碳氮氧(M-C/N/O)。
首先要知道XAS并非无所不能,它自身就有一定的局限性,M-C/N/O确实是EXAFS难以解读的问题,这时就需要借助其他表征来共同解析配位结构了,比如去做C/N/O的软线XAS。




https://doi.org/10.1038/s41467-024-48209-0
所有尝试均显示出高度吻合的拟合结果,这证实了EXAFS拟合技术在精确解析C/N/O配位信息方面存在固有局限性。
好的前面讲解了R空间的有效范围,以及拟合的局限性,接下来我们就该讲正常情况下,如何去选择一个合适的path了。
首先在R空间内,将样品与标准样品一同绘图

根据标准样品R图像来判断样品的峰反应的是吸收原子与那个原子可能配位的峰,首先在这一步你要判断数据是否含有虚假部分,图中数据就相对较好,算是已经处理的不错了。
接下来就可以保存数据为prj格式,导入到Artemis中做拟合了。
在Artemis中计算好模型文件,将模型文件中可能用到的path绘制出来进行一个预览

对比样品R数据

很明显能大概对应上两个path,那么接下来就把这两个path拖入到data窗口内,设定拟合参数。

初步拟合试一下


可以看到拟合的还是不错的,并且log数据也可以接受。

勾选上这两个选项再绘图,就可以得到经过相位校正后的拟合图像了,不过不论你勾选哪一个path的phase correction,都不会影响log里面的拟合结果,指挥改变绘图所以论文中大家都放的是未经过phase correction的图片。

当然选错path做拟合各项参数是会超出合理范围的:
➢△E0应该在-10到+10 eV的范围,过大则不合理(其误差往往很大,误差不应作为判据)。
➢同一样品中不同路径的△E0应相差不大,同一系列样品中同一种配位的△E0应接近。
➢实际拟合中,σ2合理范围为:常温下金属M—O键应该在0.0025Å2及以上;M—S键应该在0.003 Å2及以上;M—M键应该不小于其对应的foil值;同种配位更远壳层的σ2应该会大于最近邻位。
➢混合物相中,配位数是加权平均后的结果,拟合得到的配位数并不等于实际的周围原子个数。
➢待拟合参数大于独立点数Nidp=R×(2△R×△k)/π。
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