将MS中的结构转化为POSCAR的三种方法与Python脚本！

方法1：VESTA软件.cif转POSCAR

(1) Materials Studio顶栏，File-Export，保存类型选.cif

(2) 用Vesta打开该cif文件

(3) 在Vesta中点File-Export Data, 保存类型选*.vasp, POSCAR。点OK后，*.vasp文件即为我们所需要的POSCAR.

方法2：VESTA软件.cell转POSCAR

(1) 在Materials Studio中激活结构，点击Files, Save files

(2) 右键单击新生成的文件夹，点Open Containing Folder

(3) 找到*.cell文件，用VESTA打开

(4) 在Vesta中点File-Export Data, 保存类型选*.vasp, POSCAR。点OK后，*.vasp文件即为我们所需要的POSCAR.

方法3：Python脚本

本脚本转载自计算材料学（ID：jisuancailiao）-杨霈(Yaust博士)

将此脚本放在上文得到的含有文件*.cell的目录下（*表示文件名），然后将脚本中第十九行cellname=‘’中引号里加上文件名。

现在给出一个例子，假如目录下的cell文件文件名为perfect_4_3_1.cell，那么，脚本第十九行就要改为cellname=’perfect_4_3_1.cell’。

下面给出Python脚本cell_into_POSCAR.py：

#!/usr/bin/env python

#——————————————————————————-
# File: cell_into_POSCAR.py
#
# Author: Pei Yang
#
# Organization:School of Physics, Beijing Institute of Technology
# China Academy ofEngineering Physics
#
# Create Date: 2017-09-15 23:59:55
#
# Comment:
# Put the *.cell file (for exampleperfect_4_3_1.cell from Materials Studio into
# the document and execute this file, aPOSCAR file will be given.
#
#——————————————————————————-

cellname=’perfect_4_3_1.cell’
cell = open(cellname,’r’)
poscar = open(‘POSCAR’,’w’)
poscar.write(“POSCAR of “)
poscar.write(cellname)
poscar.write(” is written by cell_into_POSCAR.py(Pei Yang).”)
poscar.write(“n”)
poscar.write(“1.000000 n”)

cell.readline()
for i in range(3):
lattice_vector=cell.readline()
poscar.write(lattice_vector.strip())
poscar.write(“n”)

cell.readline()
cell.readline()
cell.readline()

n=1

atom=[]

while True:
atom.append(cell.readline().split())

ifatom[(n-1)][0]==”%ENDBLOCK”:
break
else:
n=n+1

poscar.write(‘%s ‘%(atom[0][0]))
for i in range(1,n-1):
if atom[i][0]!=atom[i-1][0]:
poscar.write(‘%s ‘%(atom[i][0]))

poscar.write(“n “)

atom_number=1
for i in range(1,n):
if atom[i][0]==atom[i-1][0]:
atom_number=atom_number+1
else:
poscar.write(‘%s ‘%atom_number)
atom_number=1
poscar.write(“n “)
poscar.write(“Direct”)
poscar.write(“n “)
for i in range(n-1):
poscar.write(‘%s ‘%(atom[i][1]))
poscar.write(‘%s ‘%(atom[i][2]))
poscar.write(‘%s ‘%(atom[i][3]))
poscar.write(‘%s ‘%(atom[i][0]))
poscar.write(‘n ‘)

cell.close()
poscar.close()

【做计算找华算】华算科技专业靠谱、正版商业软件版权、全职海归计算团队，10000+成功案例！

用户研究成果已发表在Nature子刊、Science子刊、AM系列、ACS系列、RSC系列、EES等国际顶级期刊。

电话同微信：13622320172

声明：如需转载请注明出处（华算科技旗下资讯学习网站-学术资讯），并附有原文链接，谢谢！

将MS中的结构转化为POSCAR的三种方法与Python脚本！

相关推荐