VASP脚本使用手册 | NEB计算脚本系列之绘制势垒拟合线、导出轨迹图

本期介绍的是NEB计算脚本系列之绘制势垒拟合线、导出轨迹图本期的脚本为过渡态计算中需要用到的脚本,

下面以单层石墨烯上Pt扩散为例进行介绍:
扩散方向如下图所示,1号位点为起始位点,2号位点为终止位点。

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脚本019:nebspline.pl

介绍:读取文件 neb.dat 并创建文件 spline.dat、exts.dat 和 mep.eps。spline.dat 是一组点,用于描述拟合到 neb.dat 中数据的样条曲线,而 exts.dat 包含沿曲线找到的所有极值的位置和能量,而 mep.eps 是路径示意图。

用法:输入nebspline.pl

示例:

第一步:

当前工作窗口输入nebspline.pl。得到spline.dat、exts.dat 和 mep.eps文件。注:mep.eps文件需安装Gnuplot软件才会导出。

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第二步:

cat查看exts.dat

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第三步:

cat查看spline.dat(部分数据)。选取第二、第三列绘图,效果如下:

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脚本020:nebmovie.pl

介绍:可用于生成.xyz格式轨迹文件,由每个目录中的 POSCARs (flag=0) 或 CONTCARs (flag=1) 生成。

用法:nebmovie.pl (flag)

示例:

第一步:

当前工作窗口输入nebmovie.pl 0。得到movie文件,导入相应软件中即可得到扩散路径动态过程。

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由于篇幅有限,后续脚本干货将在本公众号(DFT计算参谋长)持续更新,关注公众号可及时获取最新教程。

这是一套与过渡态、电荷密度、态密度等性质相关的脚本包VTST (Transition State Tools for VASP)。
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