本期介绍的是NEB计算脚本系列之绘制势垒拟合线、导出轨迹图,本期的脚本为过渡态计算中需要用到的脚本,
下面以单层石墨烯上Pt扩散为例进行介绍:
扩散方向如下图所示,1号位点为起始位点,2号位点为终止位点。
脚本019:nebspline.pl
介绍:读取文件 neb.dat 并创建文件 spline.dat、exts.dat 和 mep.eps。spline.dat 是一组点,用于描述拟合到 neb.dat 中数据的样条曲线,而 exts.dat 包含沿曲线找到的所有极值的位置和能量,而 mep.eps 是路径示意图。
用法:输入nebspline.pl
示例:
第一步:
当前工作窗口输入nebspline.pl。得到spline.dat、exts.dat 和 mep.eps文件。注:mep.eps文件需安装Gnuplot软件才会导出。
第二步:
cat查看exts.dat
第三步:
cat查看spline.dat(部分数据)。选取第二、第三列绘图,效果如下:
脚本020:nebmovie.pl
介绍:可用于生成.xyz格式轨迹文件,由每个目录中的 POSCARs (flag=0) 或 CONTCARs (flag=1) 生成。
用法:nebmovie.pl (flag)
示例:
第一步:
当前工作窗口输入nebmovie.pl 0。得到movie文件,导入相应软件中即可得到扩散路径动态过程。
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学员已发表Nature、Nature Energy、Nature Materials、Angew..、JACS、AM、AEM等期刊。