本期的脚本华算科技朱老师介绍的是输出优化过程中原子运动轨迹及速度,以MgO为例,结构如下:
脚本013:xdat2xyz.pl
介绍:将XDATCAR输出为xyz轨迹文件
用法:输入xdat2xyz.pl XDATCAR。得到file.xyz轨迹文件
示例:
第一步:
该脚本使用前,当前文件夹下必须有XDATCAR文件,即在结构优化计算后使用。
输入xdat2xyz.pl XDATCAR;
得到movie.xyz文件;导入至相应的软件中即可得出结构优化过程中的原子运动轨迹。
脚本014:con2xyz.pl
介绍:将con格式文件输出为xyz文件
用法:输入con2xyz.pl (con file)。得到file.xyz轨迹文件
示例:
第一步:
test.con里面包含MgO的结构优化过程中的结构信息;
输入con2xyz.pl test.con;
可得到test.xyz轨迹文件
脚本015:xdat2vdat.pl
介绍:导出aiMD过程中使用前向差分法的每次迭代下的原子速度
用法:输入xdat2vdat.pl XDATCAR OUTCAR。得到VDATCAR文件,包含使用前向差分法下原子的速度。
示例:
第一步:
输入xdat2vdat.pl XDATCAR OUTCAR
得到VDATCAR文件,使用cat命令查看
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学员已发表Nature、Nature Energy、Nature Materials、Angew..、JACS、AM、AEM等期刊。