本期华算科技介绍NEB计算脚本系列之如何获取收敛信息、修改原子坐标。
本期的脚本为过渡态计算中需要用到的脚本,下面以单层石墨烯上Pt扩散为例进行介绍:
扩散方向如下图所示,1号位点为起始位点,2号位点为终止位点。
当前工作窗口下直接输入nebconverge.pl。得到vaspgr文件夹
查看vaspgr文件夹下的内容,为各个极值点的力和能量收敛情况。vaspout.eps文件内容如下:
同时在每个极值点的文件夹下生成fe.dat文件保存收敛信息
介绍:获取原子编号和 POSCAR 文件列表,然后冻结该原子,并移动每个 POSCAR 文件的内容,以便该原子在每个单元格中具有相同的位置。如果需要为 NEB 计算中的所有 POSCAR 提供相同的冻结点,这将很有用。
用法:nebfreeze.pl (atom) (list of POSCAR files)。
在当前工作窗口输入nebfreeze.pl 19 00/POSCAR 01/POSCAR 02/POSCAR 03/POSCAR 04/POSCAR,19号原子为Pt原子。工作窗口直接打印出每个结构中Pt原子的坐标差异。
可将打印信息储存至results.dat文件中,输入nebfreeze.pl 19 00/POSCAR 01/POSCAR 02/POSCAR 03/POSCAR 04/POSCAR >> results.dat
介绍:如果原子比指定距离更近,该脚本会将这些原子推开。新的结构坐标写入 POSCAR 文件,旧的保存为 POSCAR_orig
用法:nebavoid.pl distance。distance为指定的原子间距。
在当前工作窗口输入nebavoid.pl 2。显示在优化68步后原子间距小于2Å,然后脚本对其进行了修正。其余极值点结构输出信息类似。
介绍:运行完成并使用 vfin.pl 结束后,nebresults.pl 可用于自动运行 nebef.pl、nebspline.pl、nebmovie.pl 和 nebconverge.pl。
用法:直接输入nebresults.pl。涉及到的脚本用法及示例已在往期展示,在此不过多赘述。
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