本次分享的是一套与过渡态、电荷密度、态密度等性质相关的脚本包VTST (Transition State Tools for VASP),我们将持续更新脚本使用教程。
具体功能包括过渡态计算的初始路线设置和能垒的查看、电荷密度的求和与做差、态密度文件的拆解与作图,这些功能覆盖几乎所有的DFT计算内容,数据处理效率提升99%!
本期介绍的是NEB计算脚本系列之生成中间态结构、读取极值点能量及受力,脚本为过渡态计算中需要用到的脚本,下面以单层石墨烯上Pt扩散为例进行介绍:
扩散方向如下图所示,1号位点为起始位点,2号位点为终止位点。
用法:nebmake.pl POSCAR1 POSCAR2 (num)。POSCAR1与POSCAR2分别为起始和终止的结构,num表示生成的中间态结构个数。
准备好POSCAR1和POSCAR2文件。输入nebmake.pl POSCAR1 POSCAR2 3
ls查看。此时工作文件夹下自动生成00-04四个文件夹,00里面储存了起始结构的POSCAR,04里面储存了终止结构的POSCAR,01-03储存了3个中间态结构的POSCAR。结构准备完成后,准备好输入文件(INCAR、POTCAR、KPOINTS)就可以开始过渡态计算了。
结构准备完成后,准备好输入文件(INCAR、POTCAR、KPOINTS)就可以开始过渡态计算了。
介绍:输出过渡态计算中中间结构的能量和受力情况,可在计算中使用查看收敛情况。
用法:nebef.pl。工作窗口直接打印出能量和受力信息
直接输入nebef.pl。能量差值对应势垒图上的数据点。
介绍:生成文件 neb.dat,其中包含中间态结构之间的距离、每个结构的能量以及沿着扩散方向上的力。
在当前工作窗口直接输入nebbarrier.pl,得到neb.dat文件。
由于篇幅有限,后续脚本干货将在本公众号(DFT计算参谋长)持续更新,关注公众号可及时获取最新教程。
这是一套与过渡态、电荷密度、态密度等性质相关的脚本包VTST (Transition State Tools for VASP)。
这140个脚本文件具体功能包括过渡态计算的初始路线设置和能垒的查看、电荷密度的求和与做差、态密度文件的拆解与作图,这些功能覆盖几乎所有的DFT计算内容,数据处理效率提升99%!
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