如何下载晶体结构?

在化学研究领域,化学晶体结构的在线数据库堪称科学家的重要 “智囊,它为研究者搭建了功能强大的资源平台,可实现化合物晶体结构的检索、分析与深度解读
这些平台往往蕴藏海量晶体结构数据,并配备搜索与分析工具,助力研究人员洞悉分子几何构型、化学键属性及其在三维空间的分布与排列规律。
面对当下琳琅满目的晶体信息检索平台,该如何抉择成为科研人员的现实问题。
有鉴于此,作者从多维度综合考量,涵盖数据的全面性与准确性、数据库更新频率与专注领域、可用性与访问便捷性,以及成本效益等关键因素,精心遴选出6个晶体数据库,旨在为科研探索提供有力支撑,助研究者在晶体结构研究的征程中精准导航。

CSD 剑桥晶体结构数据库

 

地址https://www.ccdc.cam.ac.uk/
介绍:CSD剑桥晶体结构数据库(Cambridge Structural Database是由剑桥晶体学数据中心(CCDC)建立并维护的全球知名晶体结构数据库,主要收录有机化合物、金属有机化合物的晶体结构数据
截至目前,其数据量已超百万条,覆盖从简单小分子到复杂配位化合物等多种类型,每条数据均包含详细的晶体学参数(如原子坐标、空间群、晶胞参数等)、化学组成及相关文献信息,是化学、材料科学、药学等领域研究人员获取晶体结构信息的重要资源。
如何下载晶体结构?

 

优点数据质量高,所有收录结构均经过严格的验证和审核流程,确保原子坐标、键参数等信息的准确性,为科研工作提供可靠依据。
内容全面且更新及时,持续与全球科研机构、期刊合作,不断纳入新测定的晶体结构,保证数据的时效性和广泛性。
功能强大且易用性强,提供多种检索方式(如文本检索、结构绘图检索)和分析工具(如结构聚类、氢键分析),支持三维结构可视化,便于用户快速定位目标结构并开展深入研究。
应用场景广泛,从基础的分子结构解析、晶体工程研究到药物设计中的分子对接与构效关系分析均能提供关键数据支持,助力科研和工业创新。

COD晶体数据库

 

地址https://www.crystallography.net/cod/
介绍CODCrystallography Open Database)晶体结构数据库是一个公开的晶体结构数据库
它包含了大量的有机、无机和金属有机化合物等的晶体结构数据,涵盖有机物、无机物、金属有机化合物、矿物质等多种类型。
能提供晶格参数、对称性(空间群)、原子坐标、原子间距及键角、原子配位、配位相关函数、XRD 粉末衍射图等详细信息,还包括相关的参考文献。
如何下载晶体结构?

 

优点其数据开源且免费使用,这为广大科研人员和机构降低了获取晶体结构数据的成本,使更多人能够方便地开展相关研究。
它的数据较为全面,涵盖了多种类型化合物的晶体结构信息,可满足不同领域研究人员的需求。
COD提供了基于RESTful API的查询接口,方便程序开发者通过编程方式高效地访问和利用数据库中的信息,有利于实现数据的自动化处理和分析。
它对所收集的分子结构数据进行了全面的整理、核对和质量评价,所提供的数据比原始文献更为准确,且这些信息由可靠的软件管理,方便用户进行检索、筛选、系统分析以及数据加工和图形绘制。

ICSD 无机晶体结构数据库

 

地址https://icsd.products.fiz-karlsruhe.de/
介绍:ICSD无机晶体结构数据库是由德国FIZ Karlsruhe提供的世界上最大的无机晶体结构数据库。
它收录了1913年以来出版的大量完全表征的无机晶体结构详细信息,涵盖纯元素、矿物、金属和金属间化合物等。
数据来源广泛,包括1600多种科学期刊。目前数据库包含超过30万条晶体结构数据,每年更新两次,约增加12000种新化合物。
内容丰富,提供化学名和化学式、矿物名和相名称、晶胞参数、空间群、原子坐标等各种详细信息。
如何下载晶体结构?

 

优点:CSD无机晶体结构数据库具有诸多优点。数据质量极高,所有数据都经过严格的质量检查和专家记录,经过多次修正,确保了数据的准确性和可靠性。
数据全面且更新及时,涵盖了各种类型的无机化合物晶体结构信息,并且不断纳入新的结构数据,能让用户获取到最新的研究成果。
功能强大,提供多种搜索方式,可根据文献信息、化学信息等进行搜索,还具备多种晶体学计算功能和可视化工具,方便用户进行数据处理和分析。
它在多个领域都有广泛的应用,为无机材料科学、固体化学、物理学等领域的研究人员提供了重要的信息支持,有助于推动相关领域的发展。

PDB 蛋白质数据库

 

地址https://www.rcsb.org
介绍PDBProtein Data Bank,蛋白质数据库)是全球最权威的蛋白质结构数据库,由美国Brookhaven国家实验室于1971年创建,现由全球蛋白质数据库合作组织(wwPDB)维护。
该数据库收录了通过X射线晶体衍射、核磁共振(NMR)光谱、冷冻电镜(Cryo-EM)等实验方法测定的蛋白质、核酸及其复合物的三维结构数据,涵盖酶、抗体、受体等多种类型。
截至目前,数据量已超过20万条,每条数据包含原子坐标、结构因子、实验条件等详细信息,是研究蛋白质结构与功能、分子生物学、药物设计等领域的核心资源。
如何下载晶体结构?

 


优点:数据权威性与可靠性强。所有结构数据均经过严格的实验验证和质量控制,确保原子坐标、键参数等信息的准确性,是学术界和工业界公认的蛋白质结构“金标准”。
内容全面且更新迅速。覆盖几乎所有已解析的蛋白质家族和功能类型,从基础研究中的单链蛋白到复杂的多亚基复合物均有收录,且每周更新,及时反映全球最新研究成果。
功能丰富且易用性高。提供多种检索方式(如关键词、序列相似性、结构域检索)和分析工具,支持三维结构可视化(如PyMOLChimera)、结构比对(如DALI)及分子动力学模拟数据下载,便于用户深入分析蛋白质的结构功能关系。
跨学科应用广泛。不仅服务于生物学领域,还为化学、药学、材料科学等提供关键结构数据,例如在药物研发中可直接用于虚拟筛选和分子对接,加速靶点药物设计进程。
开源与协作性好。数据免费开放获取,并与全球科研机构、期刊及数据库(如UniProtNCBI)深度协作,形成完整的生命科学数据生态,推动跨地域、跨学科的研究合作。

AMCSD 美国矿物晶体结构数据库

 


地址https://rruff.geo.arizona.edu/AMS/amcsd.php
介绍美国矿物晶体结构数据库(AMCSD是由美国矿物学会和加拿大矿物学协会监管,美国国家科学基金会资助的晶体结构数据库。
它包含了发表在美国《矿物学家》、加拿大《矿物学家》、《欧洲矿物学杂志》和《矿物物理与化学》等期刊上的所有晶体结构,以及从其他期刊中选取的数据集。
该数据库可通过矿物英文名称、化学元素构成、化学式等多种方式进行检索,还提供交互式软件套件,用于查看和设置晶体结构以及计算晶体的不同性质,如几何形状、衍射图案和晶体电子密度。
如何下载晶体结构?

 

优点AMCSD的优点众多。数据来源权威,其收录的晶体结构数据均来自专业的矿物学相关期刊,保证了数据的高质量和可靠性。
检索方式多样,用户可以根据自己的需求选择不同的检索方式,方便快捷地获取所需信息。
它提供了丰富的功能,通过交互式软件套件,用户能够对晶体结构进行深入的分析和研究。
该数据库是免费开放的,全球网络用户都可以自由访问、查询上面的晶体结构信息,为广大科研人员和相关领域工作者提供了便利,促进了矿物学及相关学科的发展。

ChemSpider 数据库

 

地址https://www.chemspider.com/
介绍ChemSpider数据库是由英国皇家化学学会(RSC)开发的免费化学信息数据库,旨在为全球用户提供全面的化学物质数据。它整合了来自期刊文献、专利、权威数据库(如 PubChemChEMBL)等多源数据,涵盖超过1.1亿种化学物质,包括有机小分子、无机化合物、生物分子等。
每条记录提供化学结构式、分子量、精确质量、物理化学性质(如熔点、沸点、溶解度)、光谱数据(如 IRNMR)、相关文献及供应商信息等,同时支持结构绘图检索、相似性搜索及数据导出功能。
如何下载晶体结构?

 

优点数据整合能力强且覆盖范围广。通过聚合全球多源数据,打破信息孤岛,形成庞大且全面的化学物质知识库,尤其适合跨数据库对比分析和复杂检索需求。
检索与分析功能高效灵活。支持文本检索、结构检索(如SMILESInChI输入)及子结构/相似结构搜索,配合实时生成的二维/三维结构式和性质预测工具(如logPpKa计算),显著提升研究效率。
数据实时更新与开源共享。持续动态更新数据,确保信息时效性,并免费向学术和工业用户开放,降低科研与开发成本。
深度集成与扩展性强。RSC期刊、PubMed等平台无缝对接,支持直接链接到原始文献和实验数据,同时提供API接口供开发者集成至自有系统,便于自动化数据处理和应用开发。
用户体验友好。界面简洁直观,支持多语言切换和批量数据下载,且提供详细的帮助文档和教程,适合不同层次用户(学生、科研人员、企业从业者)快速上手使用。

Materials project数据库

 

地址:https://next-gen.materialsproject.org/
介绍:Materials ProjectMP)晶体数据库是由伯克利加州大学与劳伦斯伯克利国家实验室合作建立的大型开放式在线材料数据库。
它致力于提供全面的材料性能数据、结构信息和计算模拟结果,包含了来自高通量第一性原理计算的超过百万种无机材料的数据,涵盖晶体结构、能量特性、电子结构、热力学性质等详尽信息,为研究人员提供了丰富的材料数据资源。
如何下载晶体结构?

 

优点它的数据来源可靠基于高通量第一性原理计算,保证了数据的准确性和科学性。
数据内容丰富全面,涵盖多种无机材料的各类信息,能满足研究人员在材料设计、性能预测、电子结构分析等多方面的需求。
作为开放式在线数据库,它具有良好的开放性和共享性,方便全球研究人员访问和使用,促进了材料科学领域的合作与发展。
数据库不断更新和完善,能够及时反映材料科学领域的最新研究成果和进展,为相关研究提供了有力的支持。

深圳华算科技晶体数据库

 

地址:https://huasuankeji.com/home/software/mddft/sid/search
如何下载晶体结构?

 


优点:数据丰富全面,整合了多个权威数据库的资源,包含大量晶体结构及二元相图数据,能满足不同研究方向对于晶体信息的需求
来源可靠,所整合的数据库均具有较高的权威性和可信度,确保了数据的准确性和科学性。
该数据库提供友好的软件界面及清晰的软件架构,为建模、计算、分析、决策全过程提供了快捷及便利,即使是初学者也能较为容易地上手操作。

 

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