结构优化的核心目标是通过调整原子位置或晶格参数,使体系的总能量达到最小值。在VASP中,这一过程通常通过迭代算法实现,例如共轭梯度法(Conjugate Gradient)或准牛顿法(Quasi-Newton)。优化过程中,系统会根据当前的原子力和能量变化进行调整,直到满足预设的收敛条件(如能量变化小于设定值)。
结构优化的理论基础是密度泛函理论(DFT),其核心是通过交换-相关泛函(如GGA或LSDA)来描述电子结构。在VASP中,常用的交换-相关泛函包括Perdew-Wang 1991(PW91)和PBE等。这些泛函通过近似描述电子之间的相互作用,从而计算体系的总能量和结构。
VASP计算需要准备超算连接软件EASYCONNECT与SSH,建模软件VESTA,以及VASP的输入文件INCAR,KPOINTS,POTCAR
jp-minerals.org/vesta/en/download.html
EasyConnect下载-EasyConnect最新版下载V7.6.7.0
Downloading WinSCP-6.5.3-Setup.exe :: WinSCP
ISTART=0 #开始新的任务,随机产生初始波函数
ICHARG=2 #开始新的任务,从原子电荷密度产生体系初始电荷密度
EDIFF=1E-5 #相邻两步电子迭代的能量差收敛标准
EDIFFG=-0.1 #离子弛豫的force的收敛标准
ISMEAR=0 #费米能级附近电子占据数为高斯分布,适合金属、半导体、绝缘体
Automatic generation #注释行
第三步,用VESTA查看计算输出文件CONTCAR
在winscp软件中找到结构优化路径,将计算输出的CONTCAR文件下载
今天华算科技朱老师给大家介绍Pt001 面吸附氢的结构优化计算。Pt001模型之前已经给大家构建好了,也做了优化,它大体是这个样子,常规的催化计算或者吸附计算都需要把催化剂进行横向扩胞,使a、 b 晶格常数达到 15 以上。那么这里作为一个例子,就省去了扩大晶胞这一步,直接拿原胞计算,从结果和过程的角度来讲都是不合理的,我的目的是为了加快这个视频的进度。
那么来看一下具体怎么操作。之前001面的结构优化是 pure 文件夹,把这个 pure 变成h,进到h里面修改POSCAR,那么要加一个氢原子,原子个数是1个,那就把它放在这个第3号pt原子的正上方,然后pt-h的距离用1.5,那么把它的 z 分量加 1.5 就变成了3.4。其他就不用改了,保存,然后再补上H的赝势文件。
其他的参数像 INCAR 和 KPOINTS 就不用修改,和催化剂计算是一样的。提交任务。一般的催化计算,由于催化剂的原子一两百个甚至更多,所以计算时间会比较长,一两天甚至更长都是很正常的,而这个就五个原子,一会就算完了,等他算完之后,把CONTCAR下载下来,看一下他的优化后的构型,和优化之前有什么大的改变。
如果说优化完这个H原子还是在设想的这个位置,那就说明这个结构是稳定的,对一些不稳定的吸附位置,这个H原子会移到旁边的位点,那么这个时候这个位点就没有用了。把这个CONTCAR下载,然后用 VESTA 打开,打开之后会发现这个H还是在这个第三号pt原子的上方,把键连上,看一下键长1.56,那说明这个和我们设想的 1.5 左右是没有什么大的出入的,那么这个构型和这个位点吸附也都是稳定的。
🎯500+博士团队护航,累计助力5️⃣0️⃣0️⃣0️⃣0️⃣➕篇科研成果,计算数据已发表在Nature & Science正刊及大子刊、JACS、Angew、PNAS、AM系列等国际顶刊。 👏👏👏
声明:如需转载请注明出处(华算科技旗下资讯学习网站-学术资讯),并附有原文链接,谢谢!