在材料科学与计算化学领域,VESTA 是一款广泛使用的晶体结构可视化与建模软件,尤其适用于构建二维材料如石墨烯的模型。
首先,需要在VESTA中导入或构建石墨烯的单胞结构。石墨烯是由碳原子组成的二维蜂窝状结构,其晶格参数为a=b=2.46Å,夹角为120°。
可以从Crystallography Open Database (COD)或其他数据库中下载石墨烯的CIF文件,然后在VESTA中导入。
如果没有现成的CIF文件,可以手动构建石墨烯的单胞。
在VESTA中,点击Build→MakeP1,以消除对称性,便于后续操作。
为了确保计算时层间无相互作用,通常需要在石墨烯模型下方添加真空层。
在VESTA中,选择Build→Crystal→BuildVacuum,设置真空层的厚度为20Å或更高。
在VESTA中,点击Build→Symmetry→Supercell,选择构建一个6×6×1或5×5×1的超胞。
为了适应不同计算软件(如VASP、Quantum ESPRESSO)的要求,需要调整晶格参数。
在VESTA中,点击Build→Crystal→Rebuild Crystal,设置晶格参数为α=90°,β=90°,γ=60°。
完成建模后,需要将模型导出为计算软件(如VASP)所需的格式。
在VESTA中,点击File→Export→POSCAR,选择导出为POSCAR格式。
在构建石墨烯模型时,通常需要先消除对称性,以便删除一层原子。这一步可以通过Build→MakeP1实现。
真空层的厚度应足够大,以避免层间相互作用。通常建议设置为20Å或更高。
石墨烯的晶格参数为a=b=2.46Å,夹角为120°。在VESTA中,可以通过Rebuild Crystal调整晶格参数。
如果需要构建石墨烯吸附模型(如吸附Li原子),可以在VESTA中手动放置原子,并调整其位置和配位数。
使用VESTA构建石墨烯模型是一个系统而细致的过程,涉及导入或构建结构、添加真空层、构建超胞、调整晶格参数以及导出模型。这些步骤不仅适用于石墨烯,也适用于其他二维材料的建模。通过合理设置参数和导出格式,可以为后续的DFT计算或分子动力学模拟提供高质量的输入文件。
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