结构优化的核心目标是通过调整原子位置或晶格参数,使体系的总能量达到最小值。在VASP中,这一过程通常通过迭代算法实现,例如共轭梯度法(Conjugate Gradient)或准牛顿法(Quasi-Newton)。优化过程中,系统会根据当前的原子力和能量变化进行调整,直到满足预设的收敛条件(如能量变化小于设定值)。
结构优化的理论基础是密度泛函理论(DFT),其核心是通过交换-相关泛函(如GGA或LSDA)来描述电子结构。在VASP中,常用的交换-相关泛函包括Perdew-Wang 1991(PW91)和PBE等。这些泛函通过近似描述电子之间的相互作用,从而计算体系的总能量和结构。
VASP计算需要准备超算连接软件EASYCONNECT与SSH,建模软件VESTA,以及VASP的输入文件INCAR,KPOINTS,POTCAR
jp-minerals.org/vesta/en/download.html
EasyConnect下载-EasyConnect最新版下载V7.6.7.0
Downloading WinSCP-6.5.3-Setup.exe :: WinSCP
ISTART=0 #开始新的任务,随机产生初始波函数
ICHARG=2 #开始新的任务,从原子电荷密度产生体系初始电荷密度
EDIFF=1E-5 #相邻两步电子迭代的能量差收敛标准
EDIFFG=-0.1 #离子弛豫的force的收敛标准
ISMEAR=0 #费米能级附近电子占据数为高斯分布,适合金属、半导体、绝缘体
Automatic generation #注释行
第三步,用VESTA查看计算输出文件CONTCAR
在winscp软件中找到结构优化路径,将计算输出的CONTCAR文件下载
今天华算科技朱老师给大家介绍 Pt 001 吸附H2O的结构优化计算。之前我们对Pt的 001 面做了一个建模和优化,用的是 pure 文件夹,这里把 pure 变成h2o,在这个基础上吸附一个水。来看一下POSCAR,把这个结构下载下来,看一下大概长什么样,然后在这里把水分子模型给它添加上去。
在 pure 文件夹中下载POSCAR,然后用 VESTA 打开,大概是这样,可以加在表面原子的任何一个上方,那就把它加在这个第3号铂原子的正上方,水分子的话把O放在Pt的正上方,2.5 A 左右,那一般吸附的距离在 2.5 到 3.0 之间,如果不成键的话。然后两个H是这样子V 字型的一个展开。这边首先写上O和H的原子个数,然后我们用第三个Pt原子,这个O原子在它的上方2.5,那么这个数改成4.4,H在这个O的上方,然后它是 V 字型展开,我们 V 字型用 90 度夹角,正常是一百零几度, 90 度方便一些,那 OH 长度是1.0,那么 45 度投影就是0.7,所以 z 坐标都加0.7,然后 x 坐标一个加0.7,一个减掉0.7,这样模型就做好了。把它下载看一下,没有什么问题,然后补上这个O的赝势,我们再检查一下,Pt、O、H的赝势都有了,提交计算任务。
🎯500+博士团队护航,累计助力5️⃣0️⃣0️⃣0️⃣0️⃣➕篇科研成果,计算数据已发表在Nature & Science正刊及大子刊、JACS、Angew、PNAS、AM系列等国际顶刊。 👏👏👏
声明:如需转载请注明出处(华算科技旗下资讯学习网站-学术资讯),并附有原文链接,谢谢!