本文为华算科技撰写的《VASP实用教程》第39篇,全系列约60篇,将在近期陆续更新。
随后朱老师将推出《VASP入门手册》,约200篇,旨在帮助完全没有基础的同学,从最简单的内容开始,快速入门VASP计算,少走弯路。
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今天给大家介绍一个基于python的程序库,名为Atomic Simulation Environment,简称ASE。ASE的优点明显,ASE 基于 Python 脚本语言,因此无需任何代码修改即可执行非常复杂的任务,是一个十分强大的工具。
首先我们来和大家分享一下安装方法。
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安装ASE前必须安装的程序 -
Python 3.6 或更高版本 -
NumPy 1.11 或更高版本(基于N维阵列包) -
SciPy 0.18 或更新版本(用于科学计算库) -
推荐安装的程序 -
Matplotlib 2.0.0 或更新的版本 -
tkinter或者ase.gui -
选择安装的程序 -
Ase.db Web界面的Flask -
pytest 3.6.1 或更新的运行测试版本 -
pytest -xdist 1.22.1 或更新的并行运行测试版本 -
用于某些对称性相关要素的spglib -
安装
使用pip安装
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pip install –upgrade –user ase # 安装 ASE 的最简单方法是使用pip,它会自动从PyPI获取源代码 -
pip install –upgrade –user ase[test] # 运行测试
从源安装
Tar-file
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tar -xf ase-3.20.1.tar.gz -
ln -s ase-3.20.1 ase
# 最新稳定版本的ase,解压缩并建立软链接
Git clone
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git clone -b 3.20.1 https://gitlab.com/ase/ase.git # 获取最新稳定版本 -
git clone https://gitlab.com/ase/ase.git # 开发版本
Pip
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pip install –upgrade git+https://gitlab.com/ase/ase.git@master # 直接使用 pip 安装
环境变量
export PYTHONPATH=:$PYTHONPATH
export PATH=:$PATH
测试
ase test # takes 1 min. # 需要确保已经正确设置环境变量
在终端输入ase –version,显示版本即可。
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这里和大家分享两个官网提供的简单的例子
1.计算氮分子在铜表面的吸附能

参考资料:
ASE网址:https://wiki.fysik.dtu.dk/ase/about.html
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