华算科技,唯一单位JCP!MView 程序:量子化学计算工具!

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202542日,华算科技技术部在国际知名期刊The Journal of Chemical Physics发表题为《MView: A pre- and post-processing tool for quantum chemistry calculation》的研究论文。

通讯单位:深圳华算科技有限公司

论文地址:https://doi.org/10.1063/5.0250561
MView软件下载地址:
https://www.huasuankeji.com/home/software/show/sid/vv.html
论文主要介绍了华算科技技术部研发的量子化学数据处理工具MView。该软件具有用户友好的可视化界面,能够分析和可视化量子化学结果,包括分子尺寸、热化学参数、振动光谱(红外/拉曼)、紫外-可见光谱等,并自动生成扫描任务输入文件。
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图1:MView框架

MView软件具有以下功能:

1.分子结构的格式转换
分子结构的导入:用户可以通过输入简化分子线性输入规范(SMILES)让MView生成简单分子的结构,也可直接向MView中导入分子结构文件、计算软件(例如Gaussian、ORCA、DMol3、CP2K、xtb等)计算获得的结果文件。
可视化:MView本身不自带可视化工具,但为常规可视化工具(Jmol、Avogadro、GaussView、VESTA等)提供了接口,因而用户可以选择自己喜欢的可视化工具对导入后的分子结构进行可视化。
分子结构的导出:MView能够将结构文件输出为常见的格式(如mol格式、xyz格式等),结合分子结构的导入过程,即实现了文件格式的转换。
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图2:分子结构文件格式支持

2.分子尺寸分析

 

计算分子直径:根据分子中距离最远的两个原子之间的距离以及它们的范德华半径计算分子直径,有助于评估分子是否能通过某些多孔材料的孔道。

 

确定分子尺寸:通过计算分子的外接矩形框的尺寸来表示分子的大小,考虑了原子的范德华半径,为研究分子的空间特性提供了重要参数。

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图3:分子直径和分子尺寸示意图

3.输入文件的生成

 

MView可以生成一些计算任务的输入文件。例如在进行势能面扫描时, MView可以设置可生成适用于GaussianORCAxtb等计算软件的扫描任务输入文件,并能将扫描过程中的每个结构保存为多个mol文件,方便进行多任务扫描。

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图4: 双苯环之间角度的PES扫描

 

4.热化学性质分析

 

自动计算热化学数据:当导入包含频率分析计算结果的文件时,MView能够自动计算焓、吉布斯自由能等热化学性质,为化学反应研究提供重要数据。

 

温度和压力修正:用户可以手动获取不同温度和压力下的热化学数据,通过修改输入参数快速获得所需的热化学数据值,并观察数据随温度变化的趋势。

 

支持多种软件结果:目前支持分析GaussianORCADMol3CP2Kxtb等计算软件的频率计算结果,具有广泛的适用性。

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图5:用MView计算的CH4的热化学数据

 

5.光谱可视化

 

支持多种光谱类型:能够可视化红外光谱、拉曼光谱、紫外可见光谱,为用户提供了丰富的光谱分析功能。

 

平滑功能:提供可调节的平滑功能,使计算得到的光谱结果更接近实验观测,通过滑块控件方便用户选择合适的平滑程度,增强了光谱结果的清晰度和可读性。

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图6:计算的C5H5N紫外-可见光谱可视化

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深圳华算科技有限公司(以下简称“华算科技”)成立于2017年,是一家以服务企业和高校科研机构为主的,专业的高性能计算模拟和测试分析表征解决方案服务商。

多年来华算科技专注于实验科学与理论计算的融合与创新,为企业和高校客户提供专业的多尺度理论计算和测试表征解决方案。在材料科学、化学化工、生命科学、环境科学等领域,华算科技为企业和科研机构提供一站式研发解决方案服务。

华算科技已向国内外1000多家高校/科研单位提供了超过50000项理论计算和测试表征服务,部分计算数据已发表在Nature & Science正刊及大子刊JACS、Angew、PNAS、AM系列等国际顶刊。 

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