理论计算作为一项强大的工具，从预测生物大分子结构、模拟蛋白质动态，分析药物相互作用，无不展现其巨大潜力。传统上，生物学和生物医学主要依赖实验和观察来解决问题。然而，理论计算通过结合生物学、化学和物理学的复杂数据，为解析生物机制、预测生物行为和优化生物过程提供了全新视角。近年来，生物领域顶尖期刊中关于理论计算的研究逐渐增多，其需求和应用也日益广泛。

常见的计算体系包括但不限于：DNA、RNA、磷脂双分子层、病毒、分子复合物、药物分子、靶蛋白、酶蛋白等。

常用的软件有：Gaussian、Lammps、Gromacs、Amber、Autodock、Charmm、Desmond、schrodinger等。

可以的计算的内容包括但不限于：

分子对接、虚拟筛选、同源建模、药物设计、配体-受体结合、病毒研究

分子动力学、酶催化、结合自由能、QM/MM、粗粒化模拟、自组装

结构预测、分子间相互作用、能量分析、成键分析、结构聚类分析

回旋半径（Rg）、均方根偏差（RMSD）、均方根涨落（RMSF）