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1. VMD

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分子动力学轨迹可视化与分析高阶神器，渲染效果无可匹敌。

2. VESTA

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晶体结构模型、体数据（例如电子或原子密度）以及晶形的3D可视化程序，最大众化的晶体显示工具。

3. OVITO

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结构、分子动力学轨迹可视化与分析工具，简单易用且出图好看。

4. GROMACS

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研究生物分子体系的分子动力学程序包，分子动力学领域使用量第一。

5. LAMMPS

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研究材料的经典分子动力学模拟软件包，合金、聚合物、溶液等领域常用。