通过《阶段一：理论基础与认知建立》的学习我们共同构建了第一性原理计算的核心知识框架：从量子力学的基本原理出发，理解如何通过密度泛函理论（DFT）将多电子问题简化为单电子Kohn-Sham方程，并借助VASP这一工具实现求解。我们深入剖析了交换关联泛函（LDA、GGA、HSE）、平面波基组与PAW赝势的作用，理清了自洽场计算的核心流程。这些理论认知为后续分析材料的电子结构与性质奠定了坚实的基础。
现在进入《阶段二：环境配置与工具链准备》，我们将从理论转向实操，学习在真实计算环境中运行 VASP。内容包括 Linux 基础操作、超算平台登录与 SLURM 作业调度、脚本编写与任务自动化，并系统掌握 VASP 四大输入文件准备、任务提交及输出文件解读，实现从理论知识到独立计算的完整过渡。
本章作为第二篇内容，将从环境配置与工具链准备方面，系统梳理Linux操作系统使用方法，帮助大家掌握VASP的运算平台，为后续 VASP 软件的实操学习与计算应用筑牢理论根基。
cd（Change Directory）是Linux中用于切换工作目录的核心命令。无论是查找文件还是执行程序，都需要先进入正确的目录。
# 切换到根目录
cd /
# 切换到用户根目录（当前用户的Home目录）
cd ~
# 切换到上一级目录
cd ..
# 切换到当前目录（常用于刷新环境变量）
cd .
# 切换到上一次所在的目录
cd –
# 切换到指定的路径（相对路径或绝对路径）
cd /usr/local
cd ../../etc
相对路径 vs 绝对路径
相对路径是相对于当前所在目录的路径，而绝对路径是从根目录/开始的完整路径。推荐在脚本中使用绝对路径以避免错误。
环境变量快捷键
$HOME指代用户根目录，$PWD指代当前路径。使用cd $HOME与cd -效果相同。
Tab键补全
在输入目录名称时，按下Tab键可以自动补全，提高效率。
假设你在/home/user目录下，需要进入/var/www/html目录：
cd /var/www/html
# 或者使用相对路径（如果当前在 /var 目录下）
cd www/html
ls是Linux中最常用的文件查看命令。它不仅能列出文件名，还能显示文件的详细属性。
# 列出当前目录下的文件和文件夹
ls
# 列出详细信息（包括权限、大小、修改时间）
ls -l
# 列出包括隐藏文件（.开头）的所有文件
ls -a
# 列出文件大小（human-readable），如KB、MB
ls -lh
# 递归列出所有子目录下的文件
ls -R
# 列出按时间排序（最近修改的在前）
ls -lt
# 列出按文件大小排序
ls -lS
ls -la：这是最常用的组合，显示所有文件（包括隐藏文件）的详细信息。
ls -lh：结合-h参数可以让文件大小更易读（如2.5K、1.2M）。
ls -lt –color=auto：带颜色的输出（部分系统默认支持），可以直观地区分目录、链接和可执行文件。
你想查看/etc目录下最近修改的10个文件：
ls -lt /etc | head -n 10
cp（Copy）用于复制文件或目录。虽然简单，但掌握好参数可以避免灾难性错误（如误删数据）。
# 复制文件
cp source.txt destination.txt
# 复制文件到目录
cp source.txt /path/to/directory/
# 复制多个文件到目录
cp file1.txt file2.txt /path/to/directory/
# -r (或 -R): 递归复制目录及其子目录
cp -r /source/directory /dest/directory
# -i: 交互模式（覆盖时询问确认），防止误覆盖
cp -i source.txt destination.txt
# -u: 仅复制源文件比目标文件新的情况
cp -u source.txt destination.txt
# -v: 显示复制过程（verbose），适合调试
cp -v source.txt destination.txt
你需要将/var/www目录下的所有网站文件备份到/backup/www，并保留原始文件属性：
cp -r /var/www /backup/www
vim（Vi IMproved）是Linux中最强大的终端文本编辑器之一。它分为三种模式：命令模式、插入模式和底行模式（用于搜索、保存等）。
# 打开文件
vim file.txt
# 打开新文件
vim newfile.txt
# 退出（有修改）
:wq # 保存并退出
:x # 同 :wq
# 强制退出（不保存）
:q! # 丢弃修改强制退出
# 保存不退出
:w # 只保存
1.进入插入模式：
li：在光标前插入
la：在光标后插入
lo：在当前行下方新开一行并插入
2.退出插入模式：按Esc键返回命令模式。
3.保存与退出：在命令模式下输入:wq或:x保存并退出。
# 复制粘贴
yy # 复制整行（复制）
dd # 删除整行（剪切）
p # 粘贴到光标后
# 撤销与重做
u # 撤销
Ctrl + r # 重做
# 替换
:%s/old/new/g # 全文替换
:%s/old/new/gc # 替换时询问确认
# 多文件编辑
vim file1.txt file2.txt # 打开多个文件
:args # 查看当前打开的文件列表
:n # 跳到下一个文件
:b # 列出缓冲区
你需要在config.conf文件中将所有http改为https：
vim config.conf
# 进入命令模式后输入：
:%s/http/https/g
# 保存并退出
:wq
cd：进入指定文件夹
cp：复制文件夹和文件
vim：编辑文件内容
下一章将正式引入本次教程的核心—Linux文件权限与目录结构。我们将从Linux目录结构、Linux文件权限详解，详细介绍linux文件权限与目录结构，以及他们在VASP计算中的应用，敬请期待！
