VASP教程 | VASP—Bader电荷计算技巧?

VASP自洽计算原理

VASP(Vienna Ab initio Simulation Package)是一款基于密度泛函理论(DFT)的量子力学模拟软件,广泛应用于材料科学、化学、物理学等领域。其核心计算方法之一是自洽场(Self-Consistent Field, SCF)算法,解决Kohn-Sham方程该算法通过迭代计算电子波函数和密度,直到系统达到自洽状态。
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自洽计算是VASP计算中最基础也是最重要的步骤,其目的是找到电子波函数和相应的总能量,使得电子在晶胞中的分布达到自洽。自洽计算通常包括电荷密度的初始化、波函数的迭代优化以及能量和力的计算。

准备工作

VASP计算需要准备超算连接软件EASYCONNECT与SSH,建模软件VESTA,超算连接软件Winscp
VESTA软件下载链接
jp-minerals.org/vesta/en/download.html
EASYCONNCT软件下载链接
EasyConnect下载-EasyConnect最新版下载V7.6.7.0
Winscp软件下载链接
Downloading WinSCP-6.5.3-Setup.exe :: WinSCP

VASP输入参数说明

INCAR文件:
ISTART=0    #开始新的任务,随机产生初始波函数
ICHARG=2  #开始新的任务,从原子电荷密度产生体系初始电荷密度
PREC=M   #计算精度,决定ENCUT
ISPIN=2    #打开自旋极化
ALGO=N  #确定电子优化的算法
NELM=60   #电子波函数最多计算60步
EDIFF=1E-5  #相邻两步电子迭代的能量差收敛标准
ENCUT=400  #平面波截断能400 eV
IVDW=11   #考虑范德华力修正
IBRION=-1   #固定结构、自洽计算
NSW=0   #离子弛豫的步数
ISIF=2   #固定晶格优化原子坐标
EDIFFG=-0.1  #离子弛豫的force的收敛标准
ISMEAR=0   #费米能级附近电子占据数为高斯分布,适合金属、半导体、绝缘体
SIGMA=0.1  #高斯分布展宽0.1 eV
LAECHG=.T. #计算Bader电荷
KPOINTS文件:
Automatic generation  #注释行
0  #自动产生K点网格
G   #布里渊区K点网格以Gamma点为中心
6 6 1  #K点网格密度
0 0 0  #K点网格中心平移矢量

pt001吸附H Bader密度计算

第一步,进入pt计算文件夹
cd crystal/pt 
将结构优化h文件夹复制成自洽计算hs文件夹
cp -r h hs 
进入hs文件夹
cd hs
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把 CONTCAR 复制成POSCAR
cp CONTCAR POSCAR
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第二步修改结构优化的 INCAR 文件
修改 INCAR 文件,让VASP执行自洽计算,修改IBRION=-1、NSW=0、LAECHG=.T.
vi INCAR
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第三步,提交自洽计算
sbatch JOB
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使用 squeue 命令来看任务队列,已清空。
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计算完成后查看输出文件output
cat output
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第四步,chgsum.pl和bader脚本处理数据
首先进行电荷求和
chgsum.pl AECCAR0 AECCAR2
然后计算Bader电荷
bader CHGCAR -ref CHGCAR_sum
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Bader电荷结果在ACF.dat文件中的CHARGE一列
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总结

今天华算科技朱老师给大家介绍Pt001 面吸附H Bader电荷计算。Bader电荷是用来分析电子转移情况,之前有讲过一期差分电荷的计算,它是看空间电荷云的重新分布,但是不能输出具体电子转移数,这个可以通过Bader电荷来补充。Bader电荷计算是一次自洽计算,然后多一个标签就可以。那么之前的结构优化已经做好了,是这个 h 文件夹,把这个 h 变成hs,进到hs 里面,把CONTCAR 变成POSCAR,这是自洽计算所必须的。然后 INCAR 中把 IBRION 改成-1, NSW 改成0,这就是常规的自洽计算。
那么对于Bader电荷还需要加一个LAECHG=.T. 输出一些原子芯部和价电子的信息,可以用Bader脚本进行处理,其他参数不用修改,保存提交任务。这些就是刚才说的芯部电子和价电子输出的一些信息,这个地方就是常规的自洽计算,它算完之后还会输出一些电荷的一些数字,最后它会汇总到几个文件中,就处理那几个文件就可以。现在自洽计算已经完成了,算完之后它会输出这AECCAER0、AECCAR 1、AECCAR2 三个文件。
用两个脚本,第一个叫 chgsum.pl,后面接这个 AECCAR0 和 AECCAR2,就是把 0 和 2 的电荷信息加起来,其中 0 是芯部电子, 2 是价电子的,得到一个总电子的分布情况,加完之后得到一个CHGCAR_sum。然后下一个命令就是bader CHGCAR -ref 读取电荷文件,接下来再是CHGCAR_sum来处理这个原子的电子情况,也就是bader电荷。
算完之后主要的结果在这个 ACF.data 里面,来看一下,得到这样一张表格,其中第一列是原子编号 1 ~ 5,这里 XYZ 是原子坐标,那么bader电荷就是这个 CHARGE 一列,后面是它的电荷分布的一些结构信息,可以不管它。仔细看一下Pt的电子数,第一个是10.01,然后这个第二个是小一点,第三个大一点,第四个和第一个差不多,这个第五个是hh原子0.96,看一下这个模型,h原子是吸附在第三个Pt原子上方的。
第三个Pt原子10.03这个数,和其他的铂原子相比,它的电子数是增加的,虽然增加的不多,只有 0.02 左右,那H也就少了0.04-0.03。说明几个问题,第一个,Pt和H之间电子转移数很弱,这个作用是一种共价作用,可以回看一下之前的视频,它们电荷可以看到化学键上是有很多的电荷分布的。第二个Pt的电负性是略高于氢,越往下的 3d 金属、 4d、5d 金属,它的电负性其实不低的,而不像这个sp金属、锂、钠、钾这些,这个基本上是失电子的,过度金属它甚至有的时候会得电子,但是得的也不会太多,这个就是bader分析能得到的一些结论,电子转移、方向、数值以及价键的一些性质。
本文干货内容由拥有15年VASP实战经验的华算科技朱老师(同济大学本博、深圳海外高层次人才)撰写,👉欢迎点击进入《VASP计算Bader电荷专题》探索更多深度教程
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