《VASP实用教程》第三十六弹:如何模拟红外光谱和拉曼光谱

本文为华算科技撰写的《VASP实用教程》第36篇,全系列约60篇,将在近期陆续更新。

随后朱老师将推出《VASP入门手册》,约200篇,旨在帮助完全没有基础的同学,从最简单的内容开始,快速入门VASP计算,少走弯路。

VASP视频学习资料,可以关注朱老师B站:https://space.bilibili.com/1690382481

最近了解到有些朋友需要模拟红外光谱以及拉曼光谱,今天就和大家分享一下如何模拟红外光谱和拉曼光谱。
《VASP实用教程》第三十六弹:如何模拟红外光谱和拉曼光谱
我们需要用Phonopy来模拟红外光谱和拉曼光谱。在这里我们需要用到一个名为Phonopy-Spectroscopy的包,Phonopy-Spectroscopy是一个在Phonopy中增加模拟振动光谱能力的包。这个软件包包括一个Python模块SpectroscoPy,以及一组用于处理Phonopy和VASP输出的命令行脚本。
  • 特点
  • 从Phonopy或VASP计算中计算红外(IR)强度;
  • 在远共振近似下计算拉曼活度张量和标量平均强度;
  • 准备峰值表,包括将模式分配给不可约表示(Phonopy接口);
  • 输出可以自定义的模拟光谱,支持多单元系统和模拟仪器展宽;
  • 包括来自Phono3py计算的第一原理模式线宽(Phonopy接口)。
  • 安装
该代码依赖于NumPy和PyYAML包,Phonopy接口还需要Phonopy Python库和H5py包。这四个包都可以从PyPI(通过pip)和Anaconda平台(conda)获得。此代码当前不附带setup.py脚本。克隆或下载并解压缩包存储库后,将其添加到PYTHONPATH中,以便命令行脚本可以定位SpectroscoPy,例如:
《VASP实用教程》第三十六弹:如何模拟红外光谱和拉曼光谱
命令行脚本位于Scripts目录中。为了方便起见,可以将此文件夹添加到PATH变量中,例如:
《VASP实用教程》第三十六弹:如何模拟红外光谱和拉曼光谱
有关脚本接受的命令行参数的描述,请使用-h选项调用它们,例如:

《VASP实用教程》第三十六弹:如何模拟红外光谱和拉曼光谱

  • 例子
在软件包中,有两个例子:
  • 苯衍生物:使用Phonopy接口模拟孤立分子的红外光谱,与NIST数据库的气相光谱进行比较;
  • α-SiO2:使用Phonopy接口模拟了α-SiO2(石英)的红外光谱和拉曼光谱,包括用Phono3py计算的第一原理线宽,并与RRUFF数据库的光谱进行了比较。
如果发表的文章中使用了该软件包,请按照网址上的引用方式引用。
相关网址:
Phonopy-Spectroscopy:https://github.com/JMSkelton/Phonopy-Spectroscopy#Ref1
Phonopy:https://atztogo.github.io/phonopy/
Phono3py:https://atztogo.github.io/phono3py/
NumPy:http://www.numpy.org/
PyYAML:http://pyyaml.org/wiki/PyYAML
H5py:http://www.h5py.org/
点击获取更多vasp教程👉:《VASP实用教程》全60篇教程汇总!

声明:如需转载请注明出处(华算科技旗下资讯学习网站-学术资讯),并附有原文链接,谢谢!
(0)
上一篇 2025年8月7日 上午10:37
下一篇 2025年8月7日 上午11:09

相关推荐